Se trata de un conjunto conventual que conserva elementos arquitectónicos desde el siglo XVI. Estos son la iglesia, claustro, portería, capilla abierta, barda atrial con almenas y sus cuatro capillas posas; estas últimas dedicadas a la Virgen María, San Francisco de Asís, San Miguel Arcángel y a San Juan.
La iglesia se encuentra dedicada a San Andrés Apóstol, primer discípulo de Jesús, quien es reconocido dentro de la tradición cristiana como el personaje crucificado en doble aspa o "X". La portada del recinto presenta la sobriedad típica del plateresco, donde solo se destacan su acceso y el coro decorado exponiendo emblemas de la orden franciscana como el escudo de las cinco llagas o el cordón que delimita la ventana coral. Al centro se observa un relieve con la representación de San Andrés, además de símbolos marianos y cristológicos.

Según fuentes documentales el convento fue edificado en la primera mitad del siglo XVI, específicamente en 1548 con el fraile franciscano Juan de Alameda dirigiendo la obra, cercano al asentamiento prehispánico de Calpan (del náhuatl: lugar donde hay muchas casas). Este recinto, junto con el Convento de Huejotzingo, fue de los pilares fundamentales para lo que Robert Ricard definió como la Conquista Espiritual de México.

George Kubler, uno de los grandes especialistas de la arquitectura mexicana del siglo XVI, argumentó que ningún otro recinto de México tenía una decoración de relieve tan bien lograda y conservada como San Andrés Calpan, principalmente aquellas ornamentaciones elaboradas en las capillas posas.