Tres Zapotes fue un importante sitio durante el apogeo de la cultura olmeca, contemporáneo a La Venta, y después se desarrollaron ahí las culturas epiolmeca y cultura del centro de Veracruz. Una de las ciudades cercanas era La Venta, al sur y, al norte, Cempoala.

El Museo de Sitio de Tres Zapotes (1975) se construyó al mismo tiempo que el Museo Regional Tuxteco. El diseño se debió al arquitecto Jorge Agostoni; se componía de módulos techados y abiertos, sin muros ni ventanas. En el 2005 se restructura el recinto, con una propuesta más apegada a conservar la colección lítica, por lo que se techaron las áreas abiertas y se colocaron ventanales. Un nuevo discurso museográfico corrió a cargo de especialistas en el tema, se incrementó el acervo en exhibición, y se diseñó una maqueta a escala de la ciudad prehispánica de Tres Zapotes perfectamente orientada, debido a que no se puede visitar la zona arqueológica.

• Sala 1.
• Presenta un enterramiento humano del periodo Clásico con su ofrenda, algunas piezas de cerámica, vasijas, orejeras, malacates y hachas de piedra verde, más la cronología de la ciudad olmeca de Tres Zapotes
• Sala 2.
• Se exhibe la colección escultórica con la cabeza colosal -la Cabeza de Hueyapan-, la estala Estela A, que contiene la cuenta total del calendario, y la D, y la pieza más relevante del museo, la Estela C, la más antigua de Mesoamérica.

• Luces led
• Dicroico dirigible

• Ventilación

• Sanitarios

• El Centro INAH Veracruz, a través de su área de difusión.