Abrió sus puertas el 17 de enero de 1997 en las instalaciones de la Inspectoría Auxiliar Municipal. Su objetivo es preservar y difundir el patrimonio cultural del grupo étnico popoloca, así como dar a conocer los vestigios arqueológicos y paleontológicos de la región. Exhibe principalmente piezas de cerámica y fósiles marinos.

A la fecha, el museo cuenta con instalaciones propias y se encuentra en la comunidad de San Juan Raya a 16 km de la cabecera municipal (30 min. aproximadamente) y a 12 km de la carretera Federal Tehuacán-Huajuapan.

La importancia del museo es la exhibición de fósiles marinos que existieron hace 110 millones de años. Se cree que esta región fue hace mucho tiempo brazo de mar, razón por la cual es considerada como una de las cuencas de fósiles más grandes del sureste de la República Mexicana.

Se pueden apreciar las turritelas o caracoles como comúnmente los llamaban, troncos y plantas fosilizados, peces, conchas, ostras, vértebras y un sin fin de moluscos que se quedaron para interpretar la vida que surgiera hace 420 millones de años.

17 de enero de 1997