La Parrooquia de Atlixco está dedicada a la Natividad de Nuestra Señora. Se encuentra en la manzana que hoy se ubica en el este de la Plaza de Armas y que limita al norte con la calle 2 Oriente, al sur con la calle Constitución, al este con la calle 2 Norte y hacia el oeste con la Plaza de Armas. El escudo se encuentra bajo la Corona Real, adornado alrededor por una excelente argamasa mexicana que muestra hojas de acanto y filigramas diversas en torno a una cadena estipitada que enmarca los siguientes detalles: En la parte superior central hay dos águilas reales como vigilantes de las barras españolas del escudo Real; a los lados, en la parte media están 2 escudos de las familias reales de Alemania y España, en medio hay 2 torres y 3 leones simbolizando al monarca español en la parte inferior un león y una águila un rostro bucólico. Cuenta con imágenes de culto y pinturas al óleo con gran valor artístico e histórico que representan personajes, escenas y pasajes bíblicos, entre ellas obras de Luis Juárez, Luis Berrueco, Miguel de Herrera y algunas mas de autores anónimos.

El sitio fue destinado para el uso religioso desde que se realizó el reparto de tierras y la traza para la población española. En 1579 ante la petición que hicieran los pobladores españoles desde 1574, el virrey Martín Enríquez de Almanza remitió una cédula con la que eleva el pueblo a la categoría de villa, asigna el escudo de armas en el que figura el Arcángel San Miguel que portaa un haz de trigo en la mano, y concede el permiso para la construcción de la iglesia, obra que se lleva a cabo con mampostería elaborada a base de piedra extraída de los cerros, asentada con mortero preparado con la cal de piedra que se cocía en los hornos, y arena que fue traída de los márgenes de los ríos. Se consolida el templo sede la parroquia entre los años de 1606 y 1650 a partir de una planta en forma de cruz latina con baptisterio y coro, cubierta de bóveda de cañon con lunetos en la nave y brazos, y cúpula de media naranja con tambor en el transepto. Etapas constructivas posteriores le otorgaron el aspecto que actualmente apreciamos. Se construye el sagrario en 1720, la sacristía y los retablos son de la primera mitad del siglo XVIII, la torre campanario se termina en 1770, las ocho capillas laterales de la nave así como la anexa en el brazo norte del crucero se concluyen para finales de ese siglo y principios del XIX. La casa cural y oficinas tomaron la configuración actual después de que las Leyes de Reforma entraran en vigor, pues pierde la parroquia su posesión de fincas y casas, obligando a los sacerdotes a acondicionar un espacio anexo al templo para su habitación. La decoración interior, así como el altar principal, se modificaron hacia el año de 1839, cambiando la apariencia barroca que todavía denota los retablos de madera que se encuentran hacia el oriente de los brazos del crucero, para dar lugar a la decoración de estilo neoclásico que ostenta y se aprecia por el trabajo en la pintura y dorado que se aplicó a los apilados lisos y moldurados en muros, pilastras, bóvedas y cúpula.