el exterior del inmueble luce solemne con su clásico revestimiento poblano de ladrillo, así en la fachada del templo como en la gran Casa de Ejercicios anexa. La portada es graciosa con columnas y pilastras revestidas de azulejos, mientras el esbelto campanario se ubica en la esquina. El interior de la iglesia no es menos majestuoso. Es de tres naves separadas por arcos y cúpula sin tambor. El altar mayor es neoclásico pero las naves laterales conservan aún sus maravillosos retablos barrocos y churriguerescos. La sacristía es acaso la más bella de Puebla, así por su arquitectura como por su artística cajonera taraceada y los valiosos cuadros que le adornan. De las varias capillas que se abren al interior del templo, la que es una verdadera joya arquitectónica es la que sirve de sagrario, conocida también por capilla de Jesús Nazareno. En un estilo barroco sobrio es de enormes dimensiones con su planta cruciforme que sostiene una gran cúpula con tambor octogonal que por fuera es una de las más vistosas y artísticas cúpulas de azulejos que hay en la ciudad. Las columnas del crucero de gran maestría y perfección así en sus proporciones como en su técnica de labrado.

Su origen se remonta a 1556, cuando el Ayuntamiento eligió a San José como patrono contra los rayos, por sobre Santa Bárbara, que es la tradicional patrona contra este natural y temible fenómeno atmosférico. el templo se inició modesto y pequeño y se concluyó en 1595, erigiéndola en parroquia el señor obispo don Diego Romano el 1 de abril de dicho año, segregándola de la parroquia del Sagrario de la Catedral y poniendo como límite jurisdiccional de ambas parroquias el camino que viniendo de Veracruz hacia México cruzaba la ciudad por la antigua Calle de los Mesones. Al parecer los techos de la primitiva iglesia era de madera u el capitán Antonio Fernandez de Aguilar le constriuo las bóvedas y mandó rebakar un tanto los pilares, que eran demasiado gruesos. La iglesia se terminó de edificar antes de 1693, en que fue comenzada la calilla de Jesús de Nazareno, siendo el maestro de la obra el arquitecto sevillano Diego de la Sierra Garcipérez. Hasta 1771 el templo tenía placas de tecali en vez de vidrios, y sus bellísimos retablos datan algunos del siglo XVII y otros del siguiente.

En este templo se conservan aún lienzos pintados al óleo por algunos de los mejores pintores novohispanos y decimonónicos como Antonio de Santander, Diego Berruecos, Marimón, Pascual Pérez, Miguel Jerónimo Zendejas, Agustín Arrieta y Cayetano Padilla; y una gran cantidad de esculturas atribuidas al taller de la familia Cora, dignas todas de un estudio detallado que enriquezcan la historia del arte en Puebla