La Iglesia de San Juan del Rio fue una antigua parroquia de Indios del siglo XVII, del tipo colonial barroco neoclásico. La fachada es típicamente barroca del siglo XVII, consta de un cuerpo y un remate; en el primero se abre la puerta con arco de medio punto y jambas almohadilladas. En el segundo cuerpo se encuentra la ventana rectangular del coro, a los lados tiene unos pináculos que rematan en unas tarjas-ramilletes con emblemas de la orden franciscana y la Tiara Pontificia con las llaves del reino. La torre tiene tiene dos cuerpos; el primero es de corte clásico con columnas. El segundo cuerpo es barroco con columnas salomónicas y capiteles corintios; se remata con cupulín y linternilla. Tiene quizá el atrio mas grande de la ciudad, que fue utilizado anteriormente como cementerio. El templo tiene planta de cruz latina. Se compone de cinco tramos de bóveda de lunetos más el transepto y el presbiterio, dos capillas laterales, la sacristía y otros anexos. La cúpula de media naranja, apoyada sobre tambor ochavado con ventanas octagonales, esta recubierta de ladrillo en petatillo; las esquinas del tambor se remarcan con pilastras y la linternilla con una especie de corona. El sotocoro es de bóveda de arista soportado sobre un arco de medio punto, en este espacio de entrada se conserva la pila bautismal. El intradós de la bóveda así como las pechinas, están decoradas a base de yeserías, algunas de ellas policromadas que representan entre otras imágenes, a San Juan Bautista, ángeles y arcángeles.

En el convento franciscano situado en el Tlaxcaltecapan, conocido como Barrio de El Alto, los frailes construyeron una capilla abierta dedicada a San Juan Bautista para atender a los indígenas tlaxcaltecas que fueron traídos para la construcción de la ciudad. Poco tiempo después el recinto fue insuficiente por lo que establecieron una ermita con la misma advocación. Muy pronto la numerosa población hizo insuficiente la ermita, teniéndose que buscar un sitio mejor y más amplio. En 1626 Benito Conte vecino de esta ciudad, cedió un fragmento de terreno de su huerta para este templo que desde entonces se erigió como parroquia. Dadas las características de la zona se denominó al templo como San "Juan del Río" porque en los costados había causes secos que en época de lluvias se convertían en auténticos torrentes. La construcción del templo iba muy lenta por lo que los franciscanos no alcanzaron a concluirla ya que con la llegada del Obispo Juan de Palafox y Mendoza, las parroquias fueron encomendadas al clero secular. Y desde 1641 San Juan del Rió paso a pertenecer a la parroquia de San José. La obra material del templo se retomó en 1675 cuando los vecinos tuvieron fondos suficientes. En 1682, antes de que se terminara la obra, el obispo don Manuel Fernández de Santa Cruz dividió la jurisdicción parroquial de San José por lo que San Juan del Rió quedó dependiente de la Parroquia de la Santa Cruz. Para 1686 los vecinos decidieron levantar a mayor altura la cúpula y reforzar los brazos del crucero quedando el templo concluido el 29 de Noviembre de 1687, fecha inscrita en la portada.