Este recinto cuenta con una preciada serie de elementos iconográficos. Estos se pueden ver en el artesonado de la nave principal y el sotocoro.
Se compone de una sola nave donde destacan el prebistero, una capilla del lado izquierdo y un bautisterio. Existe también un claustro de dos niveles además de contar con diversas pinturas colocadas sobre los muros.

Su construcción comenzó durante el siglo XVI por la orden de los Franciscanos. Sin embargo, la iglesia fue abandonada al poco tiempo y rescatada por los Agustinos. Este grupo fue el encargado de terminar la edificación.

Las pinturas relatan algunos episodios de la vida de Cristo, los cuatro evangelistas y diversos pasajes bíblicos. Sin embargo, durante la época cristera, las obras fueron cubiertas con cal por mandato por Plutarco Elías Calles.

Durante la década de los sesenta, diversas labores de recuperación descubrieron las obras casi intactas. Estos murales son policromonos, lo cual es una característica poco común en la pintura conventual del siglo XVI.

Hoy en día, los muros, pilares y detalles, continúan asombrando a todo el que se acerca al Ex Convento Franciscano de Huatlatlauca. Uno de los tesoros mejor conservados de la arquitectura poblana.