Médico cirujano por la UNAM.

Nació en Tlacotalpan, Ver. en 1908.

Hacia 1940 terminó su primer libro titulado El Señorío de Cuautochco, el cual escribió en sus ratos libres. Esta obra es considerada el primer estudio moderno sobre el tema de las luchas campesinas en México. En 1942 entabló amistad con Manuel Gamio, pionero de la antropología mexicana, quien lo animó a investigar el papel de la población de origen africano en la historia del país. El resultado fue la primera versión de La población negra en México (1946). Su lectura motivó al investigador Alfred Metraux para recomendarlo con el antropólogo estadounidense Melvilla J. Herskovits, destacado estudioso del continente negro. En 1944 obtuvo una beca de la Rockefeller Foundation. Aguirre Beltrán estudió en la Northwestern University, bajo la tutela de Herskovits. Se desempeñó en varios cargos públicos y académicos. Escogió la política, para participar en el destino de la gente y transformarlo. Fue director del Centro Coordinador Tzetal-Tzoltzil (1951); subdirector del Instituto Nacional Indigenista INI (1952); rector de la Universidad de Veracruz (1956- 1963); diputado federal (1961-1964); director del Instituto Indigenista Interamericano (1966); subsecretario de Cultura Popular (1970-74) y director del INI (1971-1972). A partir de 1976 polemizó contra el cambio de la orientación indigenista del Estado mexicano y el desarrollismo.

Entre 1942 y 1944 investigó en el Archivo General de la Nación los antecedentes de la población negra de México. Demostró cómo se ha soslayado la importancia de la población negra en México y resaltó desde entonces la presencia de lo africano en México, atendiendo su importancia como factor dinámico de aculturación y su supervivencia en rasgos culturales hasta entonces tenidos por indígenas o españoles. Con el estudio Problemas de la población indígena de la cuenca del Tepalcatepec (1952) inició las investigaciones regionales, marcando una nueva época que superó el ámbito de cada comunidad o etnia indígena. Trata de comparar diferentes estructuras de poder indígena en el marco de las relaciones que los grupos locales guardan con la nación.

En Regiones de refugio (1967) explicó cómo la presión política, económica y demográfica no india, obligó a las comunidades indígenas a refugiarse en selvas tropicales, desiertos o altas montañas. En estas regiones de refugio, donde han logrado sobrevivir la mayoría de las comunidades indígenas, lo urbano domina lo rural, las comunidades se convierten en satélites y se establecen relaciones asimétricas entre los diferentes segmentos de la población. Los indígenas son la parte sometida dentro del hinterland que dominan los sectores que controlan el respectivo centro rector. El indigenismo, corriente de la cual formó parte, se propuso liberar al indio de esa intermediación opresiva y explotadora.