Inició sus estudios musicales desde muy temprana edad. A los 18 años se trasladó a la ciudad de México para iniciar su carrera profesional, al lado de personajes como Blas Galindo, José Pablo Moncayo, Pablo Castellanos, Carlos Jiménez Mabarak, Claudio Arrau, Stravinsky, Shostakovich, Kachaturian, Kabalevsky y Oscar Peterson. Juan José Calatayud participó como solista de las orquesta más importantes del país: Sinfónica Nacional, Filarmónica de la UNAM, Sinfónica de Jalapa, Sinfónica de la Universidad de Durango, Sinfónica de Guadalajara, Orquesta Clásica de la Ciudad de México, Sinfónica de Puebla, Sinfónica del Instituto Politécnico Nacional, Sinfónica del Estado de México, Filarmónica de la Ciudad de México, Sinfónica de la Universidad de Tamaulipas, Sinfónica de la Universidad de Oaxaca, Sinfónica de la Universidad Autónoma Metropolitana y Sinfónica de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo. Dirigió algunas de ellas. Se presentó en todos los escenarios importantes del país, entre los que se cuentan el Palacio de Bellas Artes, la Sala Nezahualcóyotl, el Teatro de la Ciudad (ciudad de México), el Teatro de la Paz (S.L.P.), el Teatro Juárez (Guanajuato) y el Teatro Degollado (Guadalajara). Participó en importantes festivales culturales de México y el extranjero e impartió cursos de improvisación en la ciudad de Sao Paulo, Brasil y Frankfurt, Alemania. Como autor, entre sus obras más importantes, encontramos: Música para zoológico de Cristal (Tennessee William); Misa en Sol Mayor (variaciones para piano y orquesta sobre I got rithm); preludios y fugas para piano y Jazzofonía ballet (compuesto para el Taller Coreográfico de la UNAM). Fue director musical en Conflicto en Tahití, Broadway, Gipsy, Con algo de música, Porgy and Bess y El hombre de la mancha.

Recibió distinciones, entre las que se encuentran La Rosa de Oro, La Lira de Oro, placas conmemorativas por sus 15, 20 y 30 años de vida artística; el nombramiento de Hijo Predilecto y la llave de la ciudad otorgada por el H. Ayuntamiento de la Ciudad de Córdoba, Veracruz.