El museo cumple una importante tarea didáctica y de toma de conciencia sobre el pasado y futuro de nuestro planeta y de los seres que en él coexistimos; por ello divulga temas relacionados con la ecología, la ciencia, la conservación del medio ambiente y la historia natural.

El museo cuenta con seis salas permanentes:

• Sala del Universo. En ella, el visitante a través de una serie de imágenes, conoce los tipos de galaxias conocidas y nuestro sistema solar. Hay un modelo a escala de la luna, que muestra sus mares y cráteres
• Sala de la Era Paleozoica. Donde mediante gráficos se muestra la evolución de la superficie terrestre, por la teoría de la tectónica de placas. En otra área de la sala se muestran en imágenes la evolución de los primeros seres que poblaron nuestro planeta mostrando algunos aspectos de la vida prehistórica. No podía faltar una ambientación con los volcanes mediante una maqueta y una pared, que en un principio de esta era, eran muy característicos. En una vitrina al centro de la sala se tiene una pequeña colección de fósiles, rocas y minerales procedentes en su mayoría del Museo de Geología de la UNAM
• Sala de la Era Mesozoica. Donde hay una muestra de maquetas de dinosaurios y cédulas explicativas. Puede hallarse también información sobre el cráter del Chicxulub sitio donde se cree que el cometa, que provocó la extinción de los dinosaurios, se estrelló con nuestro planeta. El principal atractivo de esta sala es un modelo de Tyranosaurio Rex de poco más de 3 metros de altura y 4 metros de largo, realizado en 1992 con un sistema neumático, al cual se le han programado algunos movimientos. En esta sala se muestran diversos aspectos de la vida de los dinosaurios: tipos, evolución, crianza, mecanismos de defensa y ataque, entre otros. También hay un panel de las plantas, que a finales de esta era evolucionaron y mostraron las primeras flores y frutos con semilla. Otras secciones nos muestran animales como los reptiles terrestres, voladores y marinos, así como los mamíferos que convivían con los dinosaurios
• Sala de la Era Cenozoica. Conocida también como la Era de los Mamíferos, en esta, mediante pinturas se muestran algunos de los mamíferos que evolucionaron y aparecieron en el transcurso de esta era; se muestran también las teorías sobre el origen del hombre y su evolución mediante una serie de gráficos. En una vitrina se pueden observar unas maquetas de los primeros homínidos y una pequeña colección de cráneos de mamíferos y reptiles, una mandíbula de tiburón, una costilla de mamut, un diente de megalodón y una vértebra de ballena
• Sala de la Selva baja Subcaducifolia. Enfocándose particularmente en la Reserva Ecológica Municipal de Cuxtal, que se ubica al sur de la Ciudad de Mérida, presenta una muestra de selva baja subcaducifolia, característica del área donde se ubica la Ciudad. En ella se tienen una muestra de animales típicos de este tipo de selva, tales como el hocofaisán, oso hormiguero, armadillo, tigrillo, diversas especies de serpientes, además de diversas aves, entre muchos otros
• Sala de los Arrecifes. Sala de los Arrecifes, en particular dedicada al área conocida como “Arrecife Alacranes”, ubicada a 130 km al norte del Puerto de Progreso, Yucatán. En esta sala, se ambienta un barco que naufrago y se hundió en el área, desde donde el visitante puede observar la vida marina característica de un arrecife. Se muestran varias especies de peces como la barracuda, un grupo escuela de peces roncos, peces ángel, ballesta y mariposa entre otros; también hay tiburones gata, varias especies de equinodermos como estrellas de mar y caracolas