La biblioteca tiene como objetivos localizar, evaluar, reunir, organizar, preservar y brindar acceso oportuno a recursos informativos especializados en lengua y cultura de los pueblos indígenas de Oaxaca, México y Mesoamérica, buscando ser intermediaria entre los pueblos y su historia.

El ex convento San Pablo, lugar en donde se encuentra la biblioteca Fray Juan de Córdova, contó con una biblioteca, misma que hasta donde se tiene información, fue secularizada y junto con otras bibliotecas conventuales, paso a ser parte de la Biblioteca Pública de Oaxaca, la cual era resguardada por el Instituto de Ciencias y Artes, institución en la que trabajaran Porfirio Díaz como bibliotecario y posteriormente docente, y Benito Juárez como docente y posteriormente director. En el año de 1860, el Instituto cambió de sede al seminario de la Santa Cruz y junto con este la biblioteca, sin embargo en el traslado muchos materiales fueron extraviados. Para 1880 se decidió formar una comisión para organizar la biblioteca. El trabajo consistió en inventariar y clasificar los libros por temas y en orden alfabético. Este catálogo fue publicado tiempo después. Aproximadamente en 1940 la biblioteca fue trasladada a un edificio antiguo, de la calle 5 de mayo, recién restaurado. En 1955 el Instituto de Ciencias y Artes cambia su denominación a Universidad Autónoma Benito Juárez de Oaxaca, esto implica que para el año 1985 la facultad de arquitectura ocupe el espacio donde se encontraba la entonces biblioteca pública de Oaxaca y esta sea relegada de su espacio y por tanto descuidada. Posteriormente se intentó recuperar la biblioteca trasladándola a un edificio nuevo en la ciudad universitaria, espacio que no fue acondicionado y que solo trajo mayores daños a la colección. Después de varios años, el acervo antiguo fue rescatado y resguardado en la biblioteca Francisco de Burgoa, lugar en el que se encuentra actualmente, bajo la custodia de expertos. En este recinto se pueden observar cerca de 400 ejemplares sellados con la marca de fuego de San Pablo (SP), marca que fue retomada y actualmente usada como distintivo no solo de la biblioteca sino del Centro en general. Es debido a lo anterior que, desde que dio inicio el proceso de restauración del inmueble, se consideró el establecimiento de una biblioteca dentro del espacio. En diciembre del 2010, la Fundación Alfredo Harp Helú Oaxaca, a través de un convenio de compra-venta adquiere la colección del arqueólogo y antropólogo John Paddock, quien realizará importantes contribuciones al estudio de la historia y culturas en Oaxaca. La adquisición de dicha colección marcó el inicio de lo que posteriormente sería la biblioteca Fray Juan de Córdova. En septiembre del 2011, a través de un convenio con la organización Apoyo al Desarrollo de Archivos y Bibliotecas de México A.C., se llevaron a cabo dos proyectos, “Inventario y mudanza de la colección monográfica de John Paddock”, el cual permitió limpiar y comenzar a dar un orden a los materiales impresos. En el segundo proyecto “Estabilización e inventario del archivo fotográfico de John Paddock”, se trabajó aproximadamente el 45% de una colección conformada por 200,000 imágenes. Para noviembre del 2011, cuando el centro es inaugurado, el espacio destinado a la biblioteca ya estaba provisto de mobiliario y una parte importante de los materiales de la colección de John Paddock, estaba disponible para ser utilizada. En marzo del 2012 la biblioteca del Museo Textil de Oaxaca que fuera donada al Museo por el pintor Francisco Toledo en el 2008 y cuya colección se vio incrementada gracias a las donaciones de investigadores, es trasladada al Centro San Pablo con la finalidad de que forme parte del acervo de la nueva biblioteca. En este mismo mes, la biblioteca abre sus puertas por primera vez al público, sin embargo dos meses después cierra debido a fallas en el mobiliario. Es hasta el día 13 de agosto del 2012 que la biblioteca es abierta nuevamente, buscando ya convertirse en la biblioteca académica especializada en lengua y cultura de los pueblos indígenas, con servicios de calidad y que apoye las necesidades informativas de su comunidad de usuarios. En este mes se decide también que el nombre de la biblioteca sería “Juan de Córdova” en memoria del fraile dominico, quien vivió en Oaxaca y compiló el primer vocabulario y la primera gramática de la lengua zapoteca, ambos publicados en el año de 1578. La biblioteca aún no es inaugurada oficialmente.