Tieneun acervo especializado en las diversas áreas de ecología evolutiva, funcional y de la biodiversidad. Ofrece a investigadores y estudiantes de posgrado, universitarios y al público en general sus principales colecciones de libros, revistas y tesis especializadas en las diversas áreas de su competencia.

Esta biblioteca se creó en 1988 cuando se fundó el Centro de Ecología, el cual diez años más tarde se conformó como Instituto. Inició con una superficie de 96 mts2. Ha logrado tener un acervo muy especializado en ecología, para apoyar sustancialmente la investigación y los estudios de posgrado.