El 26 de Enero de 1686 este inmueble se inaugura como colegio de niñas llevando el nombre de "Las Doncellas de Nuestra Señora de la Presentación", posteriormente tuvo variados usos: fue la primera sede donde se exhibieron las joyas de la tumba 7 de Monte Albán; luego el edificio se convirtió en el Museo Regional del Estado hasta 1986; después fue ocupado por el Ayuntamiento hasta 1992; de 1993 a 2003, la casona albergó las instalaciones de la Secretaría de Turismo Estatal.

A nivel histórico fue sede del primer museo de Antropología e Historia en 1933, vestigio que aún podemos observar de esta época al entrar en el primer patio y ver la columna originaria del sitio arqueológico de Mitla, la cual fue asentada en este espacio para la apertura del museo de INAH.

El museo tiene como misión promover y participar en el desarrollo del arte en Oaxaca y el mundo, mediante la investigación de formas de hacer, ver y entender las artes visuales (pintura, escultura, fotografía, instalación y video), como una herramienta que posibilite una nueva topología viva y participativa para la comunidad, en consonancia con su naturaleza de conservación, análisis y difusión de obras de arte producidas desde Oaxaca.

El MUPO tiene la obligación de ser un instrumento especial para la educación mediante el acercamiento a lo concreto, e incluso un instrumento de desarrollo controlado de la economía y un lugar accesible a todos y posicionarse como uno de los mejores museos al sureste de la República mediante la difusión de sus actividades, exposiciones y acervo expresando las diferentes formas de pensamiento a nivel regional, nacional e internacional.

No cuenta con salas de exposiciones permanentes.

Cuenta con cuatro salas de exposicion temporal:
Sala Rufino Tamayo: 50 m2
Sala Rodolfo Morales: 75 m2
Sala Rodolfo Nieto: 75 m2
Sala Joven Francisco Gutiérrez: 40 m2

Servicios al público:

Folleto Impreso del museo, Visitas Guiadas, Conferencias, Presentaciones Editoriales.

Servicios Educativos.

Danza para niños,jóvenes, adultos.

1 de octubre de 2004

Periódicos, carteles, ploters, radio, televisión, catálogos, postales y videos.