Este inmueble data del siglo XVI y corresponde a un área del antiguo Convento Grande de San Francisco de Querétaro, una de las construcciones virreinales más significativas de México, ya que funcionó como centro de evangelización y de promoción cultural. El museo fue abierto al público el 6 de noviembre de 1936.

En las salas se muestran diversas colecciones que cuentan la historia de Querétaro y de México. El acervo museístico está formado por piezas arqueológicas, etnográficas, coloniales y contemporáneas constituidas por cerámicas, lítica, esculturas, pintura, muebles, vestimenta, armas, medios de transporte, fotografías, documentos y muebles.

Sala 1. Querétaro Prehispánico

Sala 2. Los Pueblos Indios de Querétaro

Sala 3. El Convento Franciscano de Santiago

Sala 4. Querétaro Virreinal

Sala 5. Querétaro en la Historia Mexicana

Biblioteca conventual (abierta para la consulta de especialistas y con un catálogo en disco compacto)
Dos salas de exposiciones temporales
Auditorio para conciertos
Conferencias
Cine club
Teatro y actos escolares
Visitas guiadas (previa cita), espacio para niños como complemento a las visitas guiadas y reforzamiento del aprendizaje de la historia
Talleres
Cursos de verano
Expendio de publicaciones

6 de noviembre de 1936