Tiene su sede en un área del antiguo Convento Grande de San Francisco de Querétaro, que es una de las construcciones virreinales más significativas de México, debido a su importante valor artístico y al papel que desempeñó como centro de evangelización y de promoción cultural, para el territorio de lo que actualmente es el estado de Querétaro. Forma parte del centro histórico de la ciudad, declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad por la Organización de Naciones Unidas para la Educación y la Cultura. El inmueble histórico data del s. XVI, el cual tuvo un crecimiento notorio a principios del s. XVIII. Su fachada actual corresponde a una alteración ocasionada en el año de 1879, al demoler parte de una sección y la eliminación de una capilla adyacente. Las salas contienen colecciones diversas a través de las cuales se cuenta la historia de Querétaro y de México. Las colecciones están formadas por piezas arqueológicas, etnográficas, coloniales y contemporáneas constituidas por cerámicas, lítica, esculturas, pintura, muebles, vestimenta, armas, medios de transporte, fotografías, documentos y muebles.

Sala 1 Querétaro prehispánico
Sala 2 Los pueblos indios de Querétaro
Sala 3 El convento franciscano de Santiago
Sala 4 Querétaro virreinal
Sala 5 Querétaro en la historia mexicana

Biblioteca conventual (abierta para la consulta de especialistas y con un catálogo en disco compacto)
Dos salas de exposiciones temporales
Auditorio para conciertos
Conferencias
Cine club
Teatro y actos escolares
Visitas guiadas (previa cita), espacio para niños como complemento a las visitas guiadas y reforzamiento del aprendizaje de la historia
Talleres
Cursos de verano
Expendio de publicaciones

6 de noviembre de 1936