Está ubicado en la ex hacienda de El Cacique, en un sitio donde se han realizado excavaciones arqueológicas desde 1964. Abrió sus puertas en 1986, con el objetivo de preservar y difundir el patrimonio cultural de la comunidad.

Entre las piezas arqueológicas que exhibe destacan una figura de jade del periodo Monte Albán II, pintada en cinabrio, y un brazero-efigie del periodo Monte Albán I, también pintado en cinabrio, conocido como Diablo enchilado.

La sala histórica exhibe fotografías proporcionadas por miembros de la comunidad y una maqueta que recrea las condiciones de la hacienda a principios del siglo XX. La sala de lucha por la tierra incluye fotografías, documentos y genealogías de las familias solicitantes de las tierras.

Cuenta con tres salas: sala de arqueológica, sala de historia de la hacienda, y sala de la lucha por la tierra.

1 de enero de 1986