La Fonoteca del Instituto Nacional de Antropología e Historia, tiene como objetivos investigar, registrar, conservar y difundir la diversidad musical de México y el mundo. Poco después de la creación del INAH, lingüistas y etnólogos formaron una fonoteca con muestras de música y lenguas indígenas registradas en carretes de alambre, hecho que marcó una nueva etapa en el desarrollo de la investigación antropológica en México: la grabación del sonido para actividades de investigación, docencia y difusión. En los años 60, un grupo de destacados antropólogos realizó grabaciones de música en varios lugares del país como parte de la investigación para las salas etnográficas del Museo Nacional de Antropología. Muchos de esos registros se editaron en discos de acetato a partir de 1967 obteniendo un éxito notable. Desde entonces se estableció un área especializada del Instituto en la investigación musical. Actualmente la fonoteca es un centro de investigación etnomusicológica conformado por un grupo de especialistas y enriquecido con una red de investigadores de otras instituciones y áreas del Instituto, algunos de los cuales desde hace más de 30 años, han contribuido al conocimiento de la música popular y tradicional de México. Asimismo, desarrolla dos proyectos sustanciales: Instrumentos Musicales Prehispánicos y Atlas Musical de México. Junto con otras instituciones, la fonoteca ha sido miembro fundador del Seminario de Fonotecas, de la Red Nacional de Acervos Musicales y del Consejo de la Música Popular Mexicana.

Como centro de documentación sonora, la fonoteca ha reunido importantes acervos: una parte de las grabaciones de campo realizadas por José Raúl Hellmer; un lote de discos de 78 R.P.M. que documentan los inicios de la reproducción en serie de la música popular mexicana (1900-1950) y una amplia colección de fonogramas de música popular y tradicional del mundo. El núcleo del acervo lo constituyen grabaciones de campo realizadas por los investigadores de la misma institución y de otros centros de investigación entre 1960 y 1997 y un rico archivo sonoro de historia y tradición oral. Las colecciones sonoras se complementan con otros documentos como: diarios de campo y notas de trabajo de Raúl Hellmer, Samuel Mart y otros importantes investigadores. También cuenta con una pequeña fototeca, una biblioteca especializada y una colección de instrumentos musicales. Los documentos sonoros son debidamente catalogados de acuerdo a los lineamientos establecidos por las instituciones miembros del Seminario de Fonotecas (El Colegio de México, Instituto Nacional Indigenista, Escuela Nacional de Antropología e Historia, Dirección General de Culturas Populares, Radio Educación, Centro Nacional de Documentación e Información Musical-INBA).