Estudió Sociología en la UNAM y colaboró como asesora en el rodaje de varios documentales. Estudió en el Centro Universitario de Estudios Cinematográficos (CUEC) de la UNAM. Su trabajo empezó a rendir frutos a partir de Azul celeste(1988), un aclamado corto sobre una mujer embarazada que busca a su marido en la ciudad de México.
Fue con Lola(1989) donde empezaría su carrera como directora de largometrajes, este se convertiría en el primero de hasta el momento cuatro largometrajes. El mayor número de los realizados por mujeres en México.
Sus otros largometrajes son: Danzón(1991), El jardín del edén (1994) y Sin dejar huella (2000). María Novaro ha logrado establecer el personaje femenino como protagonista para así reflejar la soledad existencial de la mujer mexicana contemporánea.