En 1982 se funda en Puebla, la primera universidad protestante, ofreciendo dos licenciaturas. Así surge como la Escuela Superior de Administración y Contaduría con estudios incorporados a la Universidad Nacional Autónoma de México; es en 1986 que obtiene el nombre oficial de Universidad Madero.
En diciembre de 1991 se inicia la construcción de su campus central actual, ubicado en los límites de la ciudad de Puebla y San Andrés Cholula, ofreciendo 4 programas de licenciatura, en Agosto de 1993 se convirtieron en 7 programas y varios diplomados.
En el año de 1999 la Universidad Madero decide ampliar sus alcances y adquiere el Centro Universitario del Papaloapan en Tuxtepec, Oaxaca, con una oferta académica a nivel Bachillerato, 7 programas de licenciatura y 1 maestría en Administración y Dirección de Negocios.