La catedral forma parte del conjunto religioso fundado por la Orden Dominica en el siglo XVI.

La construcción fue realizada de 1544 a 1550, siendo Vicario Fray Fernando de Albuquerque. Se dice que el rey zapoteco de Tehuantepec, Cocijopí, bautizado como Juan Cortés de Cocijopí, ofreció sus tesoros y cientos de indios de todos los barrios y pueblos tributarios de su reino para la construcción de esta obra.

El conjunto arquitectónico está integrado por el Templo de Santo Domingo, la Capilla abierta (hoy convertida en Catedral de San Pedro), el patio atrial y el claustro o ex convento. El Templo de Santo Domingo, restaurado en 1953, es de una sola nave cubierta con bóvedas de nervaduras góticas. En su interior sobresalen tres altares con esculturas religiosas. La Catedral de San Pedro, cubierta con techumbre de madera sobre arcos y columnas de hierro, contiene el Sagrario y altares dedicados a Jesucristo, la Virgen del Carmen y a la Virgen de Los Dolores. Las fachadas de estos dos espacios corresponden a una remodelación contemporánea. Al lado norte del Templo está ubicado el edificio del obispado, el cual luce una arcada de cantera. El atrio está delimitado por una barda atrial provista de dos accesos. El ex convento fue rescatado de su ruina para convertirse en sede de la Casa de la Cultura de Tehuantepec.

El Palacio o Conjunto Residencial está en el lado oriente de las plazas. Sobre varias terrazas en desnivel fueron construidos los cuartos, algunos con columnas circulares. Hay patios con escalinatas para comunicarse entre ellas y se encuentra un mirador de forma redonda construido sobre una roca natural desde donde se puede admirar una gran extensión del Istmo. Todas las estructuras fueron construidas con pequeñas lajas extraídas del área, pegadas con argamasa y aplanadas con estuco.

El horario de visita de este espacio es de lunes a domingo de 9 a 18 h