La historia de la parroquia se remonta a su fundación entre 1706 y 1707, siendo atendida originalmente por sacerdotes dominicos. Desde 1962, ha sido sede de la Prelatura Mixepolitana de María Auxiliadora, encomendada a los salesianos, quienes continúan su labor apostólica en la actualidad. Este trasfondo histórico le confiere una profundidad que va más allá de su estructura física, construida en 1965.
Construida en el siglo XVI, esta iglesia es un importante símbolo de la fe católica en la región. Su arquitectura colonial destaca por su fachada de cantera rosa y su campanario de estilo barroco. En su interior, se pueden apreciar hermosos retablos dorados y una impresionante colección de arte sacro.
La vida de la Iglesia en Ayutla está formada por dos grandes momentos festivos que atraen tanto a locales como a visitantes. El primero y más importante es la fiesta patronal en honor a San Pedro y San Pablo, celebrada cada año alrededor del 29 de junio.
El segundo periodo de gran relevancia es en noviembre, con la celebración del Día de Muertos. Esta tradición, profundamente arraigada en Oaxaca, se vive con especial intensidad en Ayutla.

1965