Se inició con el nombre de Archivo General de la Nueva España, el 27 de marzo de 1790 a cargo del 2do. Conde de Revillagigedo .
El 23 de agosto de 1823 cambió de nombre a Archivo General Público y de la Nación. De 1973 a 1977 fue albergado en el Palacio Nacional y posteriormente se le trasladó a Tacuba 8, en el inmueble del Palacio de Comunicaciones. A partir del 27 de agosto de 1982 el Archivo General de la Nación se traslada a lo que fueran las instalaciones de la Penitenciaría, en el conocido Palacio de Lecunberri, localizadas en la avenida Ing. Eduardo Molina 113.