Este archivo está dividido en fondos identificados en número romano, que contienen documentos manuscritos, impresos, copiadores o fotografías y microfilmes. Los fondos cubren un orden cronológico y varían desde 1491 hasta 2013 inclusive.
Incluyen la etapa virreinal, la guerra de Independencia, la historia del siglo XIX, el Segundo Imperio, parte del gobierno de Porfirio Díaz, la Revolución Mexicana y el siglo XX.​