El Museo de Historia de Ocotlán comenzó sus operaciones el 15 de abril de 1975, en un espacio facilitado temporalmente al interior del Palacio Municipal. A partir de 1980 la nueva sede del Museo sería la finca numero 3 de la calle Hidalgo, lugar en donde hasta estas fechas se localiza tan importante centro cultural de la región. En 2011 el Museo de Historia de Ocotlán recibió el Galardón al Mérito Museístico por parte del Gobierno del Estado de Jalisco.

Cuenta con tres salas de exhibición permanente: Paleontología, Arqueología e Historia

• Sala de Paleontología: Se encuentran restos fósiles de animales, principalmente de mamuts, caballos, camellos y bisontes que habitaron la región hace más de 10 mil años. También podemos encontrar herramientas prehipánicas para la caza de animales y la agricultura
• Sala de Arqueología: Se observan figuras antropomorfas, zoomorfas y vasijas de arcilla, la mayoría de la región, otras de la costa occidental. También podemos apreciar una réplica de una tumba de tiro; además una magnifica colección de dioses Tláloc encontrados en las orillas del Lago de Chapala
• Sala de Historia: Se da un recorrido al pasado en orden cronológico, comenzando con la exhibición de objetos históricos desde la época colonial, la independencia, el porfiriato, las revoluciones del siglo xx y de la época de la industrialización de la ciudad. Una de las piezas más significativas es un documento original firmado por el Padre de la Patria, así como objetos recuperados en la orilla del Río Santiago procedentes de la famosa batalla de 1924

Cuenta con una sala de exhibición temporal, por lo regular llevan por título algún acontecimiento histórico del municipio y la región. Se realizan cuatro exposiciones temporales al año.