Este museo ocupa una parte del exconvento y templo de San Francisco de Asís, construido por evangelizadores franciscanos en 1528. Gracias a las labores de Francisco Ruiz Montaño, oriundo de Tepeapulco, y Amaro del Rosal, director de la Compañía Constructora de Carros de Ferrocarril, quien financió gran parte de la adaptación del recinto, este espacio abrió sus puertas al público el 1 de febrero de 1959.

Como parte de los objetos en exhibición, se muestran piezas arqueológicas de los periodos Preclásico y Clásico de las culturas tolteca, teotihuacana y azteca.

• La primera sala está destinada a exposiciones temporales.
• La sala dos nos introduce a través de sus gráficos al área geocultural denominada Mesoamérica; también, se exhiben objetos de barro con influencias de las culturas Tlatilco y Copilco del horizonte preclásico; un espacio de esta sala está dedicado al horizonte clásico donde destacan objetos de la cultura teotihuacana provenientes de la zona arqueológica del Xihuingo.
• La sala tres nos recibe con una excavación arqueológica en donde podemos conocer parte del sistema hidráulico utilizado por los frailes en el siglo XVI, en los muros de esta sala el visitante puede apreciar parte del acervo virreinal del convento consistente en pinturas al óleo como la de San Francisco de Asís, La Buena Muerte de San Agustín, entre otras. Del Horizonte Posclásico se presentan objetos producidos en cerámica de la cultura mexica y material lítico como un disco solar donde aparece representado Tonatiuh, deidad solar.
• Por último, la sala cuatro dedicada al Horizonte Preclásico, resalta la importancia que tuvo la religión en la vida del pueblo mexica, pues encontramos deidades como Tláloc: dios de la lluvia, Chicomecóat: deidad del maíz y Xiuhtecutli: dios del año y para finalizar nuestro recorrido encontraremos un monolito de Nahui Ollín, símbolo abstracto del calendario mexica.

Cuenta con una sala temporal

1 de febrero de 1959