Fundada en 1948 la Biblioteca Fernando Pesqueira, inicia sus labores como biblioteca pública, perteneciente al Gobierno del Estado. Su construcción fue planeada con una gran visión para beneficiar a la comunidad sonorense. Posteriormente, pasa a ser parte de la Universidad de Sonora, con el compromiso de seguir dando servicio al público en general. Junto con el museo y el teatro Emiliana de Zubeldía, la biblioteca representa un ícono de la cultura en el Estado.
Al iniciar el sistema de departamentos en la Universidad se crearon nuevas bibliotecas dentro del campus con la creación en 1994 de la BCU ha dado a la biblioteca Fernando Pesqueira la oportunidad de seguir apoyando a investigadores y universitarios pero también asumir su papel de biblioteca pública-universitaria. Como una institución socialmente responsable la Universidad ofrece, a través de esta biblioteca, servicios enfocados a la comunidad por ello se han creado programas como el de Fomento a la Lectura, Asesoría y formación de usuarios, entre otros, con el fin de beneficiar a un mayor número de usuarios.
Como parte del SIB la biblioteca ha recibido los beneficios de la modernización como actualización de equipo y la integración a la RIB. La actualización de los acervos es un proceso continuo. Se realizaron modificaciones importantes en la organización de los periódicos, se han realizado adaptaciones para mejorar las instalaciones tanto en la hemeroteca y depósitos de periódicos como en el área de fondo antiguo.