Este recinto, ejemplo de la arquitectura militar del estado, ha sido sede del Museo de Armas y Marinería y del Museo de Arqueología Maya, el cual se inauguró el 1 de octubre de 1965, ya bajo la adscripción del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH). Después de una intervención general y la renovación de la museografía, este espacio se reinauguró en 2020.

Entre su acervo, destacan las máscaras funerarias de jadeíta procedentes de las tumbas de los Divinos Señores de Calakmul; las figurillas funerarias de la isla de Jaina; la estela número 9 procedente de Calakmul, con registros epigráficos, así como otros objetos de alto valor histórico de la cultura maya.

Cuenta con 10 salas de exhibición permanentes:

• El Mundo Maya (de 32 m^²)
• El Entorno Natural (de 31.60 m^²)
• De la Aldea a la Ciudad (de 37.31 ^m²)
• Jaina, la Casa en el Agua
• Calakmul, Trascender a la Muerte (de 39.35 m^²)
• El Orden del Universo (de 31.79 m^²)
• Conocimientos Científicos (de 31.80 m^²)
• Estructura Social (de 37.35 m^²)
• La Élite
• Guerra y Territorio (de 30.80 m^²)

1 de octubre de 1965