El Museo Zoológico nace en 1942 y prácticamente es la cuna de lo que ahora es una institución de gran importancia para el estado, y tiene como finalidad exhibir fauna regional inerte y viva. En lo que respecta al museo fue un lugar donde la enseñanza y el aprendizaje de la naturaleza era lo más importante, esta labor se vio interrumpida cuando en 1980 se creó el Centro Ecológico y Recreativo El Zapotal, y se trasladó la institución a dicha área, aunque en la nueva estructura se consideró un espacio para albergar al Museo Zoológico que abrió sus puertas al público en diciembre de 1981 para ser cerrado año y medio después (1983). En el año 2000 inician nuevos trabajos de acondicionamiento y remodelación para finalmente abrir sus exposiciones al público.

La misión del museo es proteger los recursos naturales del estado mostrando la riqueza natural de Chiapas, a través de la exposición permanente Chiapas. Mosaico natural, el montaje de exposiciones temporales y actividades dirigidas a la educación ambiental informal.