Este espacio, abierto al público el 8 de junio de 1984, está orientado a la exhibición de piezas arqueológicas encontradas en el sitio, así como a ofrecer una panorámica general sobre los orígenes de las culturas que se asentaron en la región durante la época prehispánica. Asimismo, se muestran objetos provenientes de dos importantes colecciones, una reunida por el profesor Rosendo Taracena; y la otra por el poeta Carlos Pellicer.

En este tiempo, el recinto ha sido adecuado, tanto en su espacio físico como en su propuesta museográfica, y ha contado con la participación de la maestra Amalia Cardós; para la reinauguración de1994, de los arqueólogos Román Piña Chan, Ricardo Armijo y Mario Pérez; y en 2012, se realizó una nueva restructuración museográfica, que incluyó un guion museográfico actualizado a cargo de Ricardo Armijo y Miriam Judith Gallegos, una segunda sala de exhibición, piezas arqueológicas nunca antes expuestas y la climatización de las dos salas de exposición permanente.

Cuenta con dos salas de exposiciones permanentes:

Sala 1 (de 380 m²)

Por medio de esta sala se ingresa al museo, y en ella se muestra una exhibición arqueológica, a través de la cual es posible conocer la manera en que los habitantes de la antigua Joy Chan vestían, comían y practicaban el comercio.

Sala 2 (de 470 m²)

En esta sala se exhiben, además de piezas arqueológicas, como varias impresionantes vasijas y entierros correspondientes a Comalcalco, piezas etnográficas y fotografías, las cuales hacen referencia a la región conocida como la Chontalpa, en la cual se encuentra inserta Comalcalco.

No cuenta con salas de exposición temporales.

8 de junio de 1984