Para los años de 1971 y 1988 se hicieron trabajos de reconstrucción de techos y consolidación de muros con la participación del INAH y el gobierno estatal. Desde entonces se utilizó como bodega de material prehispánico y colonial que resultó de las investigaciones realizadas por el INAH en el estado. El 9 de febrero de 1995 fue abierto parcialmente al público para exhibir parte de la colección que resguardaba.
En diciembre de 2017 después de un replanteamiento y remodelación el reducto del fuerte fue reinaugurado con el nombre de Museo de Arqueología Subacuática Fuerte de San José el Alto.
Es el primer espacio de su tipo en el continente americano, resguarda 426 piezas -entre elementos prehistóricos, prehispánicos, coloniales y de los siglos XIX y XX. Además contiene una colección inédita compuesta por objetos procedentes de contextos arqueológicos sumergidos en aguas marinas del Golfo de México y Caribe Mexicano.

Sala 1
En esta sala se explica que es la Arqueología Subacuática como disciplina encargada de investigar a las sociedades antiguas a través de la recopilación de datos y estudios especializados de objetos, restos humanos o de animales sumergidos en los mares, ríos, lagos, lagunas, manantiales, pantanos, ciénagas, marismas, arroyos, cenotes, cuevas inundadas, cavernas semi-inundadas, lagos cráter y terrenos ganados al mar.
De forma didáctica se muestra como se localiza, protege, estudia y conserva el patrimonio cultural subacuático, destacando la importancia del trabajo multidisciplinario, la aplicación de la tecnología y la participación de los pescadores.

Sala 2
A través de esta sala de inmersión, el visitante podrá adentrarse a una cueva, en donde se explica cómo se formó el territorio mexicano desde hace 165 millones de años, con especial énfasis en la vida que habitaba bajo el agua en la península de Yucatán, su transformación y la del paleoambiente, hasta llegar a la era del Hielo (de 40 000 a 10 000 años de antigüedad).
Destaca la recreación de fauna del Pleistoceno a escala real, como los colmillos de un mamut, el cráneo de un tigre dientes de sable y la representación del esqueleto de perezoso, tres de las trece especies localizadas en la cueva Hoyo Negro, Tulúm, Quintana Roo, que junto con la historia narrada por Naia, la mujer más antigua de América, internan al visitante al mundo de la prehistoria, hoy en día sumergido.

Sala 3
Se exponen piezas provenientes de diversos contextos arqueológicos subacuáticos inmersos en aguas continentales, vinculados con la cultura maya, que evidencian de forma material, la relación entre conceptos divinos, tales como el agua, el vientre de la tierra y el inframundo como un espacio sagrado de muerte, vida y renacimiento. Destacan los hallazgos realizados en los contextos arqueológicos subacuáticos del cenote San Manuel, municipio de Tizimín, así como de cenotes de los municipios de Homún y Chemax, Yucatán. En estos espacios sagrados se identificaron jarras tipo “chocolateras” correspondientes al horizonte Preclásico tardío (400 a.C. a 200 d.C.), similares a las encontradas en sitios terrestres de Belice y Guatemala, asociadas a enterramientos o depósitos mortuorios.
Los mayas son considerados un pueblo de navegantes, reconocían como otras tantas culturas a la navegación como el medio más rápido y económico de transporte. Gracias a esta actividad, la cultura maya se desarrolló de una forma interconectada entre sus distintas regiones. Desde el año 1200 a.C., tenían un amplio conocimiento de las corrientes, vientos y mareas, así como de los peligros de la mar. Desde el golfo de Honduras y hasta Tabasco, a bordo de canoas monóxilas impulsadas por remos y velas, realizaban navegación de cabotaje y a través de ríos navegables, transportando mercancías como: pescado, crustáceos, cacao, miel, sal y cueros, así como objetos suntuarios, ideas religiosas y políticas, e incluso noticias y enfermedades.

Sala 4
Los navegantes europeos que arribaron al Nuevo Mundo traían consigo un bagaje tecnológico que les permitió cruzar el Atlántico a través de la navegación a vela mediante carabelas (siglo XV) y a bordo de galeones (siglos XVI y XVII). En esta sala se podrán apreciar diversos instrumentos como: brújula, astrolabio, sextante y escandallos (estos últimos provenientes de diversos pecios ubicados en la Sonda de Campeche), objetos que sirvieron a la navegación, y posibilitaron a partir del siglo XV la travesía de "altura", es decir, navegar lejos de las costas sin otro punto de referencia que las estrellas. Gracias a estos inventos, los marinos pudieron estimar mejor su posición en la mar, el rumbo a seguir, conocer la naturaleza del fondo para evitar accidentes, así como el adecuado uso de los vientos y las corrientes.
Destacan en esta sala dos piezas correspondientes al siglo XVI, una media culebrina de bronce proveniente del pecio Cayo Nuevo I, considerada el cañón más antiguo en su tipo en el Hemisferio Occidental, así como una caña de timón de ébano recuperada en el arroyo Seco, Palizada, Campeche.

Sala 5
Compuesta por una de las colecciones más importantes del Museo, en donde se exhiben objetos de oro, esmeraldas y otras piedras preciosas, así como monedas macuquinas de plata recuperados en las exploraciones del pecio Ancla Macuca identificado en el arrecife Alacranes, Golfo de México.
Esta colección está conformada por 211 piezas de oro, esmeraldas, amatista, un rubí, y coral rojo, considerada parte del cargamento de un orfebre que trabajaba durante la travesía en la confección de elementos de joyería, portando herramientas y laminillas de oro como materia prima.

Sala 6
En este espacio se muestran diversos elementos propios de la arquitectura naval que provienen de contextos arqueológicos sumergidos en donde la tecnología, mediante el uso de la máquina a vapor, substituye a la vela, destacando la historia de los vapores correo: R.M.S. Forth, R.M.S. Tweed (arrecife Alacranes), La Unión (Sisal) y Calderas (Banco Chinchorro), así como piezas utilizadas para la vida cotidiana provenientes de contextos arqueológicos subacuáticos identificados en el Golfo de México y costa de Veracruz entre ellas una vasta colección de diversos tipo de botellas de vidrio, cerámica, loza fina, cubiertos de peltre - utilizados por pasajeros a bordo de estos navíos.

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7 de diciembre de 2017