Fue inaugurado en el marco de las conmemoraciones por el 80 aniversario de la fundación del INAH.

El museo se encuentra edificado sobre una extensión de 350 m2, con piedra de la región.

El arqueólogo Daniel Valencia, autor del guión científico y director del proyecto de investigación, explica que El Cerrito es el centro ceremonial más norteño de Mesoamérica, construido por los toltecas.

La historia del sitio arqueológico se narra a través de cuatro secciones museográficas en las que se exhiben alrededor de 170 piezas, la mayoría de ellas recuperadas durante los trabajos de exploración en el lugar, como resultado del proyecto de investigación arqueológica.

También se exhiben dos colecciones particulares que fueron entregadas al INAH para su custodia, y objetos que pertenecen al Museo Regional de Querétaro. Entre las piezas destaca una estela con la imagen de la diosa Itzpapálotl (mariposa alas de obsidiana), la deidad que veneraron los toltecas en El Cerrito.

• Sala 1. El origen tolteca, la Tollan mítica y Chicomóztoc de 56 m².
• En esta sala se narra, mediante un gráfico, el mito de origen, idea pintada en el códice Cuauhtinchan 2 en donde se observa a Chicomoztoc, el cerro de las siete cuevas, de donde nacen los siete pueblos tolteca chichimecas; la Tollan mítica, ese lugar primigenio donde los hombres tenían todos los abastecimientos para su existencia y convivían con sus dioses principales.
• Cuando ellos decidían que pueblos debían venir a la tierra a poblarla, les asignaban un dios patrono y una lengua en particular. En la sala también podrás disfruta de la única estela en piedra de Mesoamérica con la representación de la diosa Itzpapálotl, que fue quien guio a los pueblos tolteca chichimecas a la zona sur del valle de Querétaro en dónde se construyó el centro ceremonial en su honor. De igual forma, se puede observar una línea del tiempo con los principales sitios toltecas de Mesoamérica: Tula Chichén Itzá, Tututepec y El Cerrito.

• Sala 2. Construcción del Espacio Sagrado de 151 m².
• El visitante puede disfrutar de gráficos diseñados para ejemplificar la idea de que la pirámide representa uno de los tres segmentos que forman el cosmos de acuerdo a los toltecas, siendo su lugar de construcción un punto por donde pasaba el eje cósmico, el cual unía el piso cósmico del cielo, con el piso terrenal y el inframundo.
Se aprecia también, una muestra de escultura con glifos calendáricos y un clavo arquitectónico con cabeza de serpiente. La sala termina con una maqueta en donde se reconstruye la forma original del centro ceremonial teniendo como referente la pirámide, misma que se puede observar a través del único ventanal del museo.

• Sala 3. La sacralización del Espacio de 66 m².
• En esta sala se muestran sahumadores de mano, en cuyo interior fueron quemadas puntas de sílex blanco, cuentas con forma de cráneos, cuentas de concha y tubillos de obsidiana, piezas que forman parte de una ofrenda constructiva dedicada a la diosa Itzpapálotl y que fue descubierta por los arqueólogos en el interior de un pequeño altar. Todos estos objetos comparten el espacio con esculturas de gran formato, como son los coronamientos. Estas esculturas, talladas en rocas blandas, decoraban la parte superior de las fachadas de las salas con columnas.

• Sala 4. El uso cotidiano del espacio sagrado de 85 m²
• La pieza central de esta sala corresponde a un brasero con forma de reloj de arena, en cuyo interior fueron quemados diversos objetos como punzones de hueso, puntas de proyectil, malacates de barro, dijes de concha y un anillo del mismo material. Estos braseros se encontraban en plazas y altares en donde se sacralizaban los espacios y depositaban ofrendas a los dioses. El visitante puede observar piezas en exhibición que no fueron quemadas tales como conchas de abulón, malacates de barro decorados con chapopote, figurillas de barro y hasta un cascabel de cobre. En los planos expuestos en esta sala, se describe la procedencia de estos objetos, así como también la circulación de símbolos y representaciones toltecas como las de Chac Mool e Itzpapálotl en Mesoamérica.

• Jardín. El piso cósmico terrenal de 78 m².
• El jardín central del museo fue diseñado para ofrecer una interpretación del plano terrenal tal como lo concebían los Toltecas. De acuerdo con el códice La Historia Tolteca Chichimeca, el piso terrenal, el cual se dividía en cuatro rumbos, estaba sostenido por igual número de árboles cósmicos. El rumbo oriente, identificado con el color rojo era sostenido por un árbol de ceiba. El rumbo sur lo sostenía el maguey manso, el poniente la palma Izote y el rumbo norte era soportado por el árbol cósmico del mezquite. Estos árboles forman parte del entorno natural actual, y en su momento representaban elementos terrenales del espacio sagrado.

• Esta sala posee:
• aire acondicionado
• 3 vitrinas
• Dos ventanas panorámicas con protección solar

• Fluorescente
• Leds
• Dicroico fijo y dirigible

• Registro y control de las condiciones ambientales a través de la supervisión del área de conservación y termohigrometros ditales en cada sala.

• Visitas guiadas para escolares
• Talleres y curso de verano

• Se difunden contenidos de sala a través de videos
• Notas informativas
• Para atraer nuevos públicos se realizaron exposiciones temporales y actividades culturales como:
• Conciertos
• Cuenta cuentos
• Talleres