El museo fue inaugurado en agosto de 2003 en un edificio construido ex profeso a un costado del bello panteón del Señor de la Misericordia en la cabecera municipal; nos presenta la muerte vista desde la medicina, la religión, la antropología, la historia y el arte. Único en su género en Jalisco. a región occidente del país.
Consta de cuatro salas para exposiciones permanentes y una para exposiciones temporales en las que el visitante podrá conocer los diferentes ritos y costumbres relacionadas al culto de los muertos.

La primera sala hace referencia a las ceremonias fúnebres de la época prehispánica de esta región.
En la sala dos se encuentra la cripta sagrada que contiene 20 cuerpos momificados, mismos que fueron encontrados en el panteón en perfecto estado de conservación.
La sala tres exhibe objetos producto del sincretismo virreinal, como: un santo sepulcro, libros, pinturas, relicarios y esculturas policromas.
La sala cuatro se presenta la historia del panteón del Señor de la Misericordia, fotografías antiguas con ceremonias fúnebres, lápidas y coronas, una extraordinaria colección de exvotos y ornamentos sacerdotales entre otros objetos.

La sala cinco está destinada para exposiciones temporales.

Visitas guiadas
Exposiciones temporales

17 de agosto de 2003