La nave del templo describe una cruz latina, con crucero de poca proyección, sin cúpula y con un presbiterio de esquinas ochavadas. Todo techado con vigas de cedro, que reseñan un lenguaje barroco que justo en el momento de ejecución recién se asimilaba en la región. Una sucesión de ménsulas de recorte mixtilíneo sostienen las vigas de madera, que en la cara inferior presenta un par de uñas de escoplo a lo largo de cada pieza. Junto al presbiterio, la sacristía cuenta con un lavamanos en cantería, de factura tal, que asemeja las formas del arte tequitqui, lenguaje común en conventos del siglo XVI en el centro del país. Este lavamanos se encuentra empotrado en el muro norte de la sacristía, muestra como ornato principal un águila bicéfala, además de molduraciones enriquecidas con orlas festonadas. Frente a la calle que en otros tiempos fuera parte del camino real, se encuentra el portal de peregrinos, liberado recientemente de elementos que tapiaban la estructura de sus cinco arcos de medio punto. En contraste con el complejo monástico de la antigua misión de Mocorito, el campanario descuella en pleno dominio del conjunto. Es una estructura robusta de singular esquema, en el cual se adivinan ya las líneas que organizan las formas barrocas. Dispuesta en dos cuerpos, con arcos de medio punto y merlones que rematan las esquinas, culminando con un cupulín sobre el que se levanta una cruz de fierro forjado.

El espacio que ocupa la actual plaza de armas de Mocorito, originalmente formó parte del amplio atrio de la antigua misión jesuita. Hoy frente a ésta se encuentra el excepcional conjunto arquitectónico de la antigua misión de San Miguel Arcángel. Fue construida, según consta en los documentos del archivo parroquial, entre el último tercio del siglo XVII y la primera mitad del siglo XVIII. Hacia 1752, según las anotaciones hechas por Juan Jacobo Baegert, el templo de Mocorito era techado con vigas de cedro. Y en 1765 este conjunto llegó a sorprender al obispo don Pedro Tamarón y Romeral, ya que “llenó de jubilo a su ilustrísima” reconociendo que “por su pulida fábrica y primorosísimo adorno” no había, “en lo que tiene andado en su obispado, iglesia que la iguale si no es la de su Catedral”. De entre todas las obras edificadas por la Compañía de Jesús en Sinaloa, el conjunto de la antigua misión de San Miguel Arcángel, es la de mayor complejidad estructural, espacial y estilística. Ya que además de la nave del templo y las dependencias comunes como sacristía y bautisterio, cuenta con una casa parroquial, que en tiempos previos a la secularización del inmueble, cumplía con las funciones que caracterizaban las dependencias de una misión.

Patrimonio histórico y arquitectónico