En 1533 inició la construcción de este templo y de él sólo queda el campanario y una mole recubierta por la actual edificación. En 1539 fue modificada al ser promovida a catedral de la nueva diócesis de Chiapas. En 1696 la actual fachada poniente. De 1714 a 1726 se construyen las tres naves actuales, la capilla de Guadalupe y la primera sala capitular. De 1754 a 1766 adornan el espacio interior y primeros retablos barrocos de talla dorada. En 1813 hubo una restauración y remodelación neoclásica del pináculo de la fachada poniente y de la portada Sur. De 1902 a 1912 se sustituyeron las ventanas barrocas por los grandes ventanales de estilo renacentista. De 1921 a 1931 se construyó el bautisterio y modificaron las columnas corintias de los pilares barrocos de las naves. Al principio del siglo XVIII, la catedral era célebre por su artesón de madera tallada. El actual es una modesta reconstrucción artesanal, pero sin el oro y las pinturas estofadas que lució hasta el temblor de 1804. Parte del artesón del presbiterio tiene todavía piñas y otros adornos que son la obra de los ebanistas de 1813. Los dos retablos de las cabeceras de las naves laterales fueron tardíamente trasladados de la iglesia de los jesuitas después de su expulsión en 1767, los cuales datan de 1708. Hacen juego con el púlpito, de la misma fecha. Los cuatro retablos barrocos datan de la mitad del siglo XVIII. En todos estos retablos y en la sacristía hay pinturas de Correa, de Cabrera, y de pintores locales.

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