Actualmente la jurisdicción del municipio de Mazapil, heredada de la Colonia, es una de las más extensas del país, con elevados valles que van desde los 1 700 hasta los 2 400 msnm, sobre la Mesa del Norte, e incluye serranías que llegan a los 3 000 metros de altura. Las corrientes de agua superficiales son intermitentes, sujetas a la época de lluvias, las cuales promedian de 300 a 600 mm en el año. Los depósitos superficiales de agua son muy pocos y su contenido presenta altos índices de salinidad. Durante la Colonia la jurisdicción de Mazapil, albergó una gran cantidad de carboneras que abastecían los hornos de fundición de la plata y las necesidades del consumo doméstico, por lo que se puede suponer que sus bosques fueron objeto de una intensa explotación. Hoy en día la mayor parte de los cerros que circundan Mazapil se encuentran totalmente deforestados. El suelo de los valles es pobre con vegetación que consiste en matorrales xerofíticos, sin embargo en las serranías más lejanas es posible observar la existencia de una gran variedad de pinos, arbustos y plantas, entre los que se encuentran: yoanis, pinos de piñón duro, pinavete, mezquite, charrasquillo, lantrisco, encino, pino, cedro, afinador, conchilla, modroño, capulín, hojasen, gobernadora, barreta negra, barreta blanca, vara dulce, gatuño, chararro, prieto, lechiguilla, palma, biznaga, guapilla, palma real, palma chica, palma samandoca, entre otras.