Declarado monumento nacional en 1933, este inmueble, que data del siglo XVIII, fungió como cuartel de José María Morelos y Pavón durante el sitio de Cuautla. Con este antecedente, el espacio fue habilitado como museo temático el 30 de septiembre de 1965.

Actualmente, las ocho salas de exposición permanente con las que cuenta este recinto abordan principalmente las figuras de Emiliano Zapata y de Morelos.

Cuenta con 8 salas de exhibición permanentes:
En la sala de inicio se hace una remembranza a manera de introducción acerca de la historia de la casa, así como de los personajes a los cuales está dedicado el museo.

• La vida de don José María Morelos y Pavón
• El encuentro con Miguel Hidalgo y Costilla
• Sus principios como estratega
• El sitio de Cuautla
• Para llegar así a la aprehensión y ejecución.

También, en el museo se encuentran los orígenes del zapatismo, el encuentro Zapata – Madero, la toma de Cuautla, firma del Plan Ayala y la entrada de los zapatistas a la capital para terminar con la muerte de Emiliano Zapata.

Cuenta con una sala de exhibición temporal, que tiene usos para:

• Sala de usos múltiples
• Sala de juntas
• Exposición temporal

30 de septiembre de 1965