Este recinto cuenta con un valor inconmensurable para el país, ya que fue escenario de la primera batalla por la lucha de la Independencia. Con el objetivo de conservar, investigar, comunicar y exponer las distintas piezas arqueológicas, históricas, artísticas y etnográficas que atesora, el 26 de junio de 1958 se abrió al público como museo.

El acervo total de este emblemático espacio consta de nueve mil piezas de gran valor histórico y cultural, el cual, además, destaca por conservar tres murales de José Chávez Morado: Abolición de la esclavitud, Canto a Guanajuato y Aportaciones de Guanajuato a la integración de la nación.

Cuenta con 14 salas de exposición permanentes:

• Sala Sellos prehispánicos.
Contiene uno de los acervos más completos del país, la colección de sellos prehispánicos fue donada al museo 1976 por el arqueólogo Frederick Field. Los sellos están elaborados de barro y piedra, representan plantas, flores, animales, formas humanas, seres míticos y una gran variedad de formas geométricas.

• Sala Arte mesoamericano.
Contiene una gran colección de objetos arqueológicos de diversas culturas y representaciones de los dioses prehispánicos: Tláloc, Quetzalcóatl, Huehuetéotl, entre otros. Colección donada por José Chávez Morado y Olga Costa grandes pintores originarios de Guanajuato.

• Sala Chupícuaro.
Chupícuaro es una cultura que se desarrolla entre el 600 a.C. y 250 d.C. Las actividades de subsistencia de sus pobladores se centran en la agricultura, la caza, la pesca y la recolección de frutos silvestres. La colección de cerámica que alberga esta sala revela el gran desarrollo cultural de los habitantes de Chupícuaro. Las formas de la cerámica se caracterizan por su gran diversidad: cuencos, tecomates, jarras, platos trípodes, patojos, cántaros, vasijas, ente otros.

• Sala Colonización española.
Esta sala alude a la propuesta de poblamiento del Bajío y sus alrededores, en donde se narra el primer avance español hacia la región centro-norte del territorio Chichimeca, actual estado de Guanajuato. Al entrar, llama la atención un mapa sobre la demarcación de la ruta conocida con el nombre de Camino Real Tierra Adentro y una vitrina con objetos relacionados hace hincapié en los procesos relacionados con el arte de laborar en las minas. La importancia de la religiosidad en la vida cotidiana novohispana queda de manifiesto en una serie de pinturas y esculturas religiosas, realizadas en diferentes épocas, y en una vitrina donde se exhiben objetos litúrgicos y un pequeño óleo sobre lámina de San Ignacio de Loyola, además de la imagen y un busto de la virgen de Guanajuato, patrona de la ciudad.

• Sala Reformas borbónicas.
Se narran los acontecimientos provocados por el cambio de dinastía y sus formas de administrar la corona española. Al entrar observamos dos figuras humanas con atuendos similares a los utilizados por españoles y criollos adinerados. En el centro de la sala se puede observar el título de la ciudad que el Rey Felipe V expidió a favor de la Villa de Guanajuato el 8 de diciembre de 1741, así como el escudo y los planos de la ciudad, que a partir de la promulgación de las Ordenanzas de Intendentes en 1787 se convertiría en la capital de la Intendencia de Guanajuato.

• Sala Alhóndiga de Granaditas.
Esta sala corresponde a la historia del edificio, muestra la función de estas instituciones que controlaban la distribución del maíz y el trigo que se introducía en las ciudades. Sobresalen varios objetos relacionados con el comercio de granos: balanzas, pesas y medidas, así como productos agrícolas semejantes a los que se vendían en estos depósitos. Además, se muestran réplicas de documentos relacionados con la construcción de la Alhóndiga de Granaditas, planos de la obra y vistas de su interior donde sobresale el gran patio de la misma.

• Sala Guerra de Independencia siglo XIX.
En el mapa que se halla en la sala se advierte el recorrido e incremento de las tropas de Hidalgo a lo largo de la intendencia de Guanajuato. Dos óleos de buena factura aparecen en la misma sala, el primero destaca la original representación de un Hidalgo de rostro magro y rasgos finos. El segundo, anónimo, la imagen de la Guadalupana, protectora del movimiento y símbolo criollo y mestizo. Se presenta una reproducción fiel del estandarte que el cura de la Congregación de Dolores tomó del santuario de Atotonilco en su camino a la Villa de San Miguel y se exhiben algunos instrumentos de labranza, utilizados como armas por los trabajadores agrícolas. También hondas, piedras de río, recipientes de mercurio, antorchas, brea y pedazos de cantera que fueran el armamento para los mineros.

• Sala Línea del Tiempo Las Cuatro Etapas del a Guerra de Independencia.
Ilustra las etapas de la Guerra de Independencia, plasma los acontecimientos desde el 16 de septiembre de 1810 hasta la consumación de la misma en 1821. En la primera etapa detalla el inicio de la lucha hasta la muerte de los primeros caudillos insurgentes, Hidalgo, Allende y Aldama. Continua con la labor de Morelos por el sur del país y hasta su fusilamiento. La tercera etapa describe las pequeñas luchas que se desarrollaban al mismo tiempo a lo largo de todo el territorio. La última etapa comienza con la alianza entre Vicente Guerrero y Agustín Iturbide y finaliza con la firma del acta de Independencia el 28 de septiembre de 1821.

• Sala México Independiente siglo XIX.
Esta sala abarca diferentes periodos históricos de México durante el siglo XIX. Al inicio, un espacio que alude al Primer Imperio, donde sobresale un óleo sobre tela con el retrato de Agustín de Iturbide y una reproducción de la bandera trigarante. A continuación, destacan los retratos de los guanajuatenses Lucas Alamán y José María Luis Mora, cuyas ideas constituyeron aportes fundamentales para la construcción del modelo republicano mexicano. Este periodo termina con el retrato de Antonio López de Santa Anna, quien acaparó la atención durante buena parte del siglo XIX en el ámbito de la política nacional. Podemos observar una serie de retratos dibujados al carbón, correspondientes a una impresionante generación de políticos liberales. En seguida, la presencia de Manuel Doblado se deja ver en esta sala, dada la fuerza e importancia del gobernante guanajuatense. El conflicto bélico entre los liberales y conservadores, mejor conocido como Guerra de Reforma, resalta con la pintura de Ramón Casas: Guillermo Prieto y Benito Juárez, que ilustra la elocuencia de Prieto para salvar la vida de Juárez, presidente constitucional, del grupo golpista apoyado por los conservadores. El área final, corresponde al Segundo Imperio; da comienzo con un vaciado en bronce del busto del emperador realizado por Felipe Sojo, continúa un óleo sobre tela del Escudo de armas del Segundo Imperio y termina con ilustraciones de la pareja imperial: Maximiliano y Carlota Amalia de Habsburgo.

• Sala Exvotos.
Los exvotos que encontraremos en esta sala rinden un agradecimiento a las siguientes divinidades: Señor de los Trabajos, Santo Niño de Atocha, San Francisco de Paula, Señor del Veneno, Jesús Nazareno de Atotonilco, Virgen de Silao, Señor de los Milagros, san Cayetano, Virgen de san Juan, Señor de Villaseca, Cristo Negro de Esquipulas, Niño Jesús, Espíritu Santo, Virgen Dolosa, María Santísima, Señora de la Cueva, Señor de la Columna, Santos Mártires, Señora de la Purísima Concepción y Virgen de Guadalupe. Los retablos que se encuentran en esta sala corresponden a los siglos XIX y XX, el ex voto más antiguo pertenece al año 1838 y el más reciente a 1952. Ex voto en latín significa por voto, es decir, por promesa, como un objeto ofrecido en cumplimiento a un compromiso en el que el milagro y la fe han hecho su mejor parte. Los ex votos son imágenes en las que el pintor plasma, a petición del beneficiado, el milagro del que ha sido objeto. La escena materializa el hecho para traerlo a su memoria cuantas veces sea necesario.

• Liberalismo y Porfiriato siglo XIX y XX.
Destacan en la sala las esplendidas fotografías de Romualdo García, su mujer e hijos, así como una serie de imágenes que plasman distintas tomas de la diversificación social de la época y de la ciudad a principios del siglo XX. Sobresalen algunos objetos e imágenes relacionadas con el impulso económico que se vivió durante este periodo en el estado de Guanajuato. En los tableros y vitrina de fondo, aparecen varios instrumentos empleados en la investigación científica y magníficos trabajos de zoología de Alfredo Dugès.

• Sala Hermenegildo Bustos
La obra de Hermenegildo Bustos representa una gran aportación a la pintura mexicana del siglo XIX, es considerado por los estudiosos de historia del arte mexicano como un extraordinario retratista y naturalista. Los formatos de sus retratos oscilan en el pequeño y gran formato. Óleo sobre tela, óleo sobre lámina y lápiz sobre papel, son las técnicas que podrán disfrutar en la exposición permanente del museo.
• Sala Artes y Costumbres de Guanajuato.
Muestra las expresiones culturales de los artesanos de Guanajuato, se presentan textiles, cerámica, objetos tradicionales de charrería, herrería, hojalatería, alfarería, confitería, cantería y juguetes tradicionales, entre otros.

• Sala Recinto de los Héroes.
Espacio para rendir homenaje a los héroes de la independencia: Hidalgo, Allende, Aldama y Jiménez. Una lámpara votiva ubicada al centro del inmueble guarda la llama de la independencia, la cual es renovada cada 28 de mes a través de una ceremonia cívica.

Cuenta con cuatro salas de exposición temporales:

• Sala Manuel Doblado.
En esta sala se muestran exposiciones relacionadas, con la historia, el arte, la etnografía y la arqueología.
• Sala Casimiro Chowell
Se muestran diversas exposiciones relacionadas, con la historia, el arte, la etnografía y la arqueología.
• Sala de exposición para la Muestra del Mes.
En este espacio expositivo mensualmente se muestran piezas del Repositorio de Bienes Culturales del museo.
• Sala Romualdo García
En esta sala se muestra el gran legado de la Fototeca Romualdo García, se exhiben principalmente la obra de los grandes fotógrafos guanajuatenses como Romualdo García e hijos. El acervo de la fototeca consta de más de 80,000 ejemplares.

• Fototeca Romualdo García
• Archivo Histórico Lucio Marmolejo
• Librería Educal
Servicios del área de Comunicación Educativa:

• Visitas guiadas
• Talleres educativos
• Cursos de verano
• Conciertos
• Obras de teatro
• Cuentacuentos
• Organización de exposiciones

26 de junio de 1958