Con el fin de proteger, conservar y difundir el patrimonio cultural del estado, el 30 de marzo de 1981, se inauguró este recinto. En 2018, después de un proceso de reestructuración, el cual incluyó la renovación de salas permanentes, ampliación de salas temporales y adecuación de espacios, el inmueble reabrió sus puertas al público.

Su acervo se compone de fósiles, piedras con inscripciones, fotografías de pinturas rupestres, artesanías regionales, entre otros objetos que permiten conocer el rico pasado histórico de Baja California Sur.

En este museo se muestran expresiones muy antiguas, de hace miles de años, de vida humana en el estado.El museo reseña la geología de la península, sus fósiles, su naturaleza única, la vida de los primeros pobladores y sus pinturas rupestres, las misiones jesuitas, la etnografía.

Sala 1 Arqueología:
• Plantea una explicación profunda de la cultura de los grupos primitivos peninsulares, a través de vistosas recreaciones e interactivos, así como de un acervo de objetos de mucha significación para los procesos prehistóricos del norte de México.
Sala 2, Pinturas rupestres y primero contactos:
• Presenta una museografía muy detallada sobre los sitios más importantes que han sido estudiados y fechados en la Baja California, para el caso de la cueva de San Borjita, la más antigua de América con un fechamiento de 9,000 años antes del presente.
  
  En esta misma sala se explica el encuentro de la península de California, el proceso misional y la formación de los primeros pueblos civiles.
Sala 3: Independencia, Revolución y siglo XX
• Hace hincapié en los elementos que le dan sentido e identidad a la sociedad local a través de su evolución política y el patrimonio del rancho sudcaliforniano.

Se exponen de manera rotativa muestras temporales dedicadas al arte, el patrimonio, la etnografía y la historia no sólo local sino nacional e internacional.

31 de marzo de 1981