Forma parte de las instalaciones de la Rectoría de la Universidad Autónoma de Zacatecas, edificio construido en el siglo XIX y restaurado en 1986. En sus inicios el inmueble funcionó como cárcel y posteriormente como Presidencia Municipal y sede del Instituto Zacatecano de Bellas Artes. Como museo fue inaugurado el 11 de octubre de 1983, con un concepto museográfico del ingeniero Antonio Villarreal Álvarez y del diseñador Alberto Orduña. Se trata de un gabinete de estudio que data de 1880, compuesto por aparatos para realizar experimentos de física; originalmente fue utilizado como parte del programa de estudios de bachillerato de los alumnos del antiguo Colegio de Ciencias. Dicho gabinete, dividido en siete salas, abarca diversas áreas de la física, tales como la mecánica, la hidráulica, la neumática, el calor, la acústica, la óptica, el magnetismo, la electricidad estática y la electricidad dinámica.

Es aconsejable visitar la Sala Electrodinámica-Electromagnetismo, para comprender como, desde cierta perspectiva, el magnetismo y la electricidad son lo mismo. El recorrido en el Museo Universitario de Ciencias concluye con una hermosa Sala de Arte Virreinal, en donde se atesoran 11 valiosas composiciones de autores tan grandes como Juan Correa y Luis Juárez.

Cuenta con una sala temporal para exposiciones de diversa índole.

Cuenta con auditorio, biblioteca y videoteca.
Organiza visitas guiadas, conferencias y talleres relacionados con la ciencia.
Coordina los programas Club Infantil de la Ciencia y Jueves de Video, la edición de la revista Esferas Concéntricas y los concursos José Árbol Bonilla y Ángel Ruiseco de investigación y creatividad científicas, respectivamente.

11 de octubre de 1983