Este museo se creó para difundir el conocimiento de los mamíferos marinos, promover su estudio, su investigación, la conservación de su hábitat, a través de la conformación de colecciones científicas, exposiciones museográficas, visitas guiadas, pláticas, talleres y conferencias, dirigidas a todo público

El Museo de la Ballena es uno de los más importantes en su tipo en América Latina. Este museo aloja una de las colecciones más grandes del mundo de esqueletos de mamíferos marinos. Debido a la enorme diversidad de ballenas que habitan en la Bahía de La Paz (de las 86 especies que existen, 28 se encuentran en las aguas de La Paz).

Exhibe una colección de casi 38 esqueletos marinos que se han rescatado en diversos destinos de Baja California Sur, se puede observar un esqueleto de la casi extinta vaquita marina, el de una orca y una orca pigmea.

Este museo cuenta con seis salas: Sala de la Evolución de los cetáceos
Sala de las orcas
Sala para defines
sala para exposiciones de cachalotaes
sala audiovisual
Sala para grandes ballenas

21 de marzo de 2016