Distribuido alrededor de un jardín central flanqueado por altos y amplios corredores que dan acceso a las salas de exhibición. La sala permanente es exclusivamente dedicada a la cultura maya; cuenta con tres niveles que permiten un recorrido a través del mundo Cosmopolitan de mayas prehispánicos, vida terrenal, inframundo y una bóveda celeste, siempre girando entorno a la llamada Yaxche o ceiba, árbol representativo y sagrado. Una gran selva cruza diagonalmente la sala en sus tres niveles, con una ambientación basada en sonidos reales de animales de la región, como aves y monos aulladores.

Sala I El Mayab y su gente: Describe la ubicación histórica, el habitat, la lengua y se explica el proceso de poblamiento.
Sala II Entre la montaña y el mar: Se expone la relación del hombre con la naturaleza, así como los resultados culturales de esta relación, a través de estelas, videos, maquetas e ilustraciones.
Sala III El lugar de los tronos y sitiales: Se dedica a la arquitectura, tanto de carácter ceremonial como la estructura urbana de las ciudades mayas.
Sala IV Los hombres del maíz: Se refiere a las actividades económicas que caracterizaron el proceso productivo maya, como: cacería, pesca, recolección, agricultura y comercio.
Sala V En ella se encuentra la explicación del vínculo que simbólicamente establecía el hombre con el mundo. En esta perspectiva se exponen el origen mítico, las costumbres funerarias y la figura axial de la ceiba, que relacionaba el inframundo, el mundo humano y la esfera celeste.
Saala VI La sabiduría de los antiguos: Se exponen los conocimientos que sobre los astros, el tiempo, los números y la escritura desarrollaron los mayas.
Sala VII Los extranjeros: Se explica la presencia de los contactos culturales con otros pueblos, como son: los teotihuacanos, los mayas-putunes y grupos de filiación tolteca.
Sala VIII El ocaso del mundo: La presencia y la actividad de los conquistadores españoles cierra el texto museográfico y da inicio a la vigencia de las profecías que vaticinaron la obscuridad.

Las cuatro salas de exposiciones temporales ofrecen mas de 90 obras de arte hechas por artistas de la entidad, cada sala alberga exposiciones pictóricas que plasman sueños, ideas y paisajes.

14 de septiembre de 1994