Abrió sus puertas al público el 21 de septiembre de 1998. Tiene por objeto cultivar el interés de los niños, jóvenes y adultos hacia la cultura, la ciencia, la tecnología y el medio ambiente, mediante un contexto de educación interactiva que propicie la experimentación, el análisis, la innovación y la creatividad.
Forma parte de la legendaria estructura de La Jabonera del Pacífico, que en la década de los cincuenta funcionó como almacén de semillas de algodón y que después de 30 años de abandono fue rescatada para salvaguardar un patrimonio cultural, reconocido por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH). Las más de 260 exhibiciones del museo están divididas en las secciones denominadas Casa de la energía, Pirámide del hombre, Plaza del sol, Mezanine de comunicación, Sala de exhibiciones temporales y Domo digital.

El museo cuenta con las siguientes salas permanentes:
Ciencia Mágica: Los visitantes podrán ampliar sus conocimientos de matemáticas y física mediante experimentos científicos.
Plaza del Sol y del Agua: en esta sala los visitantes encontraran llamativas atracciones y exhibiciones como el teatro Guiñol.
Casa Sustentable: se experimenta el trabajo individual y en equipo que benefician el ambiente y sobre todo a la calidad de vida.
Sala de la naturaleza: se experimenta y conoce acerca de los fenómenos naturales y aplicar tu creatividad para crear obras artísticas.
Taller de Arte: mediante material reciclado se puede crear tus propias obras relacionadas con fechas conmemorativas o festivas.
Realidad Aumentada: se puede interactuar y aprender con elementos virtuales.7

Cuenta con tienda de recuerdos, cafetería, fuente de sodas, enfermería y áreas verdes. Organiza visitas guiadas, conferencias, programas vacacionales, cursos o talleres para niños y maestros, así como membresías. Cuenta con Sala Imax con capacidad para 300 personas, con proyección de películas en formato 2D y 3D en una pantalla de 16 x 22 m y sonido digital envolvente de 16 mil watts de potencia.

21 de septiembre de 1998