Este museo, se compone de dos colecciones únicas en su género en toda el área maya, una consiste en las máscaras funerarias de jadeíta procedentes de las tumbas de los Divinos Señores de Calakmul y la colección de figurillas funerarias de la isla de Jaina.

Igualmente se puede apreciar la estela número 9 procedente de Calakmul, con registros epigráficos de fechas, nombres e imágenes de uno de sus gobernantes y esposas.

Otras piezas significativas son el platón con tapa de iguana con un gran contenido de ideas religiosas expresadas de manera iconográfica y el cajete con tapa en forma de cabeza de Jaguar Negro o Sol Nocturno, ambas excavadas en la Zona Arqueológica de Becan.

De la Casa de los Itzáes o Edzná, la escultura pétrea en forma de tambor en la que aparece la imagen de una reina.

En 1963 se rehabilitó el edificio para instalar el Museo de Armas y Marinería. En 1978 su colección fue sustituida dando paso a la inauguración del Museo de Arqueología Maya. En febrero de 2020 después de una intervención al inmueble y la renovación de la museografía, se reinaugura como Museo de Arqueología Maya. Fuerte de San Miguel.

• Sala 1 de 32 m2
• Mundo maya
• Sala 2 de 31.60 m²
• • Entorno natural
• Sala 3 de 37.31 m²
• La evolución de las aldeas a ciudades
• Sala 4 de 31.80 m²
• El ciclo de la vida
• Sala 5 de 39.35 m²
• Trascender la muerte
• Sala 6 de 31.79 m²
• El orden del universo
• Sala 7 de 31.80 m²
• Escritura y conocimientos científicos
• Sala 8 de 36.20 m²
• Vida cotidiana
• Sala 9 de 37.35 m²
• Estructura social
• Sala 10 de 30.80 m²
• Guerra y territorio

• Sistema de iluminación led, puntal

• Altos índices de humedad ambiental y calor extremo

• Taquilla
• Sanitarios
• Sillas de ruedas
• Estaciones hápticas
• Guía pododáctiles
• Pantallas interactivas

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