Desde 1981, el primer intento por establecer un espacio para muestra del lábaro patrio fue en la planta alta del Palacio Municipal. El segundo intento, en 1986, fue el monumento a la bandera, conocido como La Pérgola.
La tercera fue la habilitación de la actual sede del museo, frente al Zócalo en las calles Madero y Juárez.
Luego de varias entrevistas con el INAH se conformó el guión museográfico, mismo que sugirió las réplicas de las banderas que se utilizaron en siglos pasados como son: la bandera de la Nueva España; el estandarte de Miguel Hidalgo; la bandera de José María Morelos, la bandera del Ejército Trigarante; la bandera del gobierno de Porfirio Díaz, el lábaro utilizado por Francisco I. Madero al trasladarse al Castillo de Chapultepec y la bandera actual, entre otras.

Sala permanente contiene:
Sala introductoria: Reproducción del juramento a la bandera y el Plan de Iguala, crusifijo de madera policromada y misal en latín del Templo de San Francisco de Asis, Iguala 1928.
Modelo estático de un galeón español del siglo XVII de la ruta Manila-Acapulco-Manila 1770-1815, modelo a escala de locomotora nacional de México 2033 construido en 1918, joyería en oro fabricada por artesanos de Iguala, la metalurgia en oro surgió en Iguala en los años veintes del siglo pasado.
Réplicas de las banderas que en siglos pasados se utilizaron; uniformes del ejército trigarante, jefe y de tropa; documentos como un facsímile del Plan de Iguala, también cuenta con réplicas del Acta de Independencia y los Sentimientos de la Nación redactados por José María Morelos y Pavón, una réplica de la campana de Dolores que utilizó Miguel Hidalgo y Costilla para convocar al pueblo a iniciar la lucha por la independencia de México, arma de colección de la época de la independencia donada por la Sedena, gestionada por el Teniente Coronel Dem. Netzahualcóyotl Albarrán Mendoza.
Esta sala cuenta con 17 ventanas, que permiten la iluminación natural durante el día, en cada cristal esta plasmada la imagen de los insurgentes que participaron en la lucha por la independencia, como son: Vicente Guerrero, Agustín De Iturbide, Miguel Hidalgo Y Costilla, José Ma. Morelos Y Pavón, Ignacio Allende, Josefa Ortíz de Domínguez, Juan O’Donoju, Guadalupe Victoria, Leona Vicario, Hermenegildo Galeana, Juan Álvarez, Nicolás Bravo, Mariano Matamoros, Ignacio López Rayón, Juan Aldama, Xavier Mina, Félix Ma. Calleja.

Folleto impreso del museo, visitas guiadas, conciertos, conferencias, presentaciones editoriales.

24 de febrero de 1999