Inmueble histórico construido en 1594 formó parte de los colegios tridentinos que junto con los colegios de San Pedro y San Pablo formaron la base del Seminario Conciliar Palafoxiano, máxima obra espiritual del insigne obispo Juan de Palafox y Mendoza. La fachada del inmueble es austera, revestida de ladrillo sobresaliendo en ella los vanos de las ventanas inferiores y superiores, sobretodo el de la entrada principal de la casa cuyas jambas y dintel son de cantera. Seguramente la fachada debió lucir la ornamentación especial que distinguiera como colegio de San Juan como aún la conservan los colindantes colegios de San Pedro y San Pantaleón en donde se destacan los escudos heráldicos de sus fundadores. El patio principal se encuentra rodeado en sus dos niveles por un amplio corredor cubierto, enmarcado por arcos de medio punto, sostenidos por columnas toscanas de cantera, obra del siglo XVII y en el centro del mismo se encuentra una bella fuente del mismo material.

El Colegio de San juan tuvo sus orígenes en la donación que el año de 1594 hizo el padre Juan Larios Muñoz cura beneficiado de Acatlán y su jurisdicción de cien mil pesos de su peculio personal para erigir un colegio para la formación de un clero propio de la diócesis poblana, nombró por patrón de dicha obra al obispo Diego Roano, quien gobernó la diócesis de 1578 a 1606. El Seminario de San Juan Bautista empezó a funcionar en 1596 don doce becas para doce colegiales acólitos de la catedral con macada vocación al estado eclesiástico, quienes en las horas que les dejaba libre el coro recibían lecciones de gramática y más tarde estudiaban filosofía y teología moral, hasta poder ordenarse de sacerdotes. La vida de dicho colegio estuvo normada por estatutos o constituciones hechos a inspiración del mismo padre Larios. Mas tarde el colegio cambió su nombre por el de San Juan Evangelista y continuó funcionando como tal durante mas de treinta años hasta el 22 de Agosto de 1644 fecha en que fue renovado y agregado a la fundación del colegio de San Pedro por parte del obispo Palafox y Mendoza.