Este museo reabrió sus puertas al público el 10 de diciembre 2018. luego de que el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), en coordinación con el Gobierno del Estado, lo sometiera a un proceso de reestructuración de su guión museográfico.
Se renovaron cinco salas permanentes, se amplió una sala de exhibiciones temporales, así como la adecuación del jardín etnobotánico y espacios del área de servicios al público.

La primera es la Sala Introductoria, que abre el camino hacia el pensamiento y las culturas antiguas de esta tierra.

La Segunda Sala de Arqueología, que aborda el nacimiento de las primeras culturas en la península de Baja California.

La tercera Sala de Pintura Rupestre, con reproducciones y fotografías de este tipo de manifestaciones de los antiguos pobladores en la región.

La siguiente sala dedicada a los primeros contactos europeos en la península, su descubrimiento, las misiones, el desarrollo de la empresa misional jesuítica, y los primeros pueblos civiles que con el tiempo dieron la conformación de la sociedad regional. Es decir, las tres californias: la antigua conformada por los primeros pobladores, luego la california de los primeros pueblos misionales y la california civil.

Otra sala expone el paso del tiempo de los grandes movimientos sociales: la Independencia de México, las intervenciones, entre la que destacan la del 47.

La siguiente sala contiene otras intervenciones, las filibusteras y de ahí a la Reforma, el Porfiriato y el siglo XX.

Exposiciones temporales
Expendió de publicaciones
Biblioteca
Librería
Visitas guiadas
Talleres educativos
Cursos de verano
Asesorías a escolares (previa cita)

30 de marzo de 1981