Este inmueble, construido en 1886, ha sido utilizado como oficinas de gobierno, cuartel militar, cárcel municipal, hospital y escuela. Desde el 15 de mayo de 1995, se estableció como un museo dedicado a contribuir a la memoria histórica de Baja California.

El espacio tiene habilitadas seis salas permanentes que cubren la historia, el paisaje y la cultura del estado, desde sus primeros pobladores hasta una semblanza de los idiomas nativos actuales.

Actualmente, cuenta con un acervo que supera los 200 objetos, entre los que destacan piezas etnográficas, arqueológicas y paleontológicas.

Cuenta con seis salas de exposiciones permanentes:

• Sala de Paleontología (de 30 m^²)
Aquí se muestran fósiles de amonitas, gasterópodos, bivalvos, trilobites y dientes de tiburón con una antigüedad de más de 12 millones de años, y restos óseos de un mamut de hace más de 10 mil años.


• Sala Arqueología del Paleoindígena (de 20 m^²)
En este espacio se muestran magníficos artefactos de piedra, tales como tajadores, raspadores, desfibradores y fragmentos de puntas tipo Clovis, usados como herramientas y armas.


• Sala Arqueología del Arcaico (de 30 m^²)
Aquí se muestran recreaciones de los complejos culturales denominados concheros, costumbres funerarias y manifestaciones gráficas rupestres de los antiguos pobladores de Baja California, así como elaboradas piezas de piedra, hueso y concha para uso ritual y cotidiano.


• Sala Arqueología Prehistoria Tardía (de 24 m^²)
Espacio en el que se recrean y presentan objetos y actividades fundamentales en la vida cotidiana de los antiguos pobladores: una habitación denominada wa, herramientas de trabajo, la recolección de la bellota, así como un conmovedor collar de piedra y concha con algunas piezas fundidas durante el rito funerario de la cremación de un infante; algunas vasijas de cerámica, cuya aparición es característica de esta etapa; una punta de proyectil de un centímetro de largo, finamente elaborada en cuarzo transparente, entre tantas otras piezas de hueso, concha y madera.


• Sala Grupos Nativos de Baja California (de 24 m^²)
En este espacio se pueden apreciar los trabajos artesanales más comunes de cada comunidad y la diversidad de sus paisajes y manera de integrarse con ellos a través de sus lenguas, todas ellas en alta amenaza de desaparecer.


• Sala Historia (de 24 m^²)
La colección está compuesta por fragmentos de cerámica china, restos de cera para calafatear las naves marinas y herramientas y prendas de vestir usadas por los grupos nativos al momento del contacto con los misioneros. La época misional en Baja California tuvo sus inicios en el momento en que los jesuitas iniciaron sus labores en 1697; cuando estos fueron expulsados, los franciscanos se encargaron de los trabajos de evangelización, y finalmente los dominicos laboraron hasta mediados del siglo XIX.

Cuenta con dos salas de exposiciones temporales:

• Área de las Crujías (de 63 m^²)
Originalmente, en la época del cuartel militar, en esta área estaban los dormitorios de los soldados, las barracas; posteriormente, al momento de fungir como cárcel municipal, fueron las crujías.


• Área de la Pieza del Mes (de 16 m^²)

15 de mayo de 1995