Inaugurado el 14 de febrero de 1992. Da a conocer la historia de la ciudad de Guadalajara y diversos aspectos culturales del lugar. Está ubicado en un inmueble de finales del siglo XVII, el cual formó parte del Convento de Monjas Capuchinas. Cuenta con diez salas de exposición; las seis de la planta baja ofrecen un recorrido histórico, urbano, etnográfico y artístico de la ciudad y sus habitantes desde la conquista hasta la época moderna. En las cuatro salas restantes se exhiben exposiciones temporales. Organiza y ofrece al público conciertos, conferencias, presentaciones editoriales, visitas guiadas, cursos y talleres. Cuenta con auditorio, biblioteca y patio principal.

Cuenta con diez salas museográficas; seis de ellas en la planta baja y cuatro en el segundo nivel. Se describen los desarrollos históricos, urbanos, etnográficos y artísticos de la ciudad y sus habitantes.

Sala S. XVI. La conquista, Fundación, Demografía, Época Colonial Sala S.XVII. Desarrollo Socioeconómico, Castas e Identidad Tapatía. Sala S. XVIII. Desarrollo Económico, Crecimiento Urbano y Religioso Sala S.XIX y S.XIX-2. Independencia y Reforma, Evolución Cultural y Expresiones Artísticas. Sala S.XX. Revolución Mexicana y Etapa Moderna de la Ciudad.