Este espacio, abierto al público el 31 de julio de 1981, está constituido por dos grandes edificaciones coloniales que pertenecieron a los jesuitas: el Colegio San Francisco Javier, que después fue universidad, y la iglesia de El Jesús. Entre 1894 y 1979, la sala principal dio lugar a la Biblioteca Pública Manuel Cepeda Peraza.

La pinacoteca alberga obras del virreinato y el siglo XIX en Yucatán. El acervo procede en su mayoría del desaparecido Museo Histórico y Arqueológico de Yucatán, con una muestra que abarca desde autores virreinales hasta modernos.

Cuenta con cuatro salas de exhibición permanentes:

Pintura Colonial (de 136.12 m²)

Este espacio cuenta con cuadros, algunos cuya autoría se atribuye al pintor poblano Juan Cordero, de personajes ilustres y gobernantes del estado de los episodios más importantes de la región, como la Guerra de Castas, la lucha contra el imperio y el auge henequenero; y pinturas de la época colonial de los siglos XVII y XVIII de tema religioso, retratos de sacerdotes y obispos, así como cuadros de santos y uno de la Virgen de la ciudad de Izamal.

Juan Gamboa Guzmán (de 55.76 m²)

Esta sala exhibe la obra del pintor yucateco más importante del siglo XIX, Juan Gamboa Guzmán.

Gabriel Gahona Picheta (de 39.45 m²)

Se muestra la obra del grabador Gabriel Vicente Gahona, alias Picheta, quien fue anterior a José Guadalupe Posada; una prensa litográfica del siglo XIX, que se presume procede del impresor y dibujante meridano José Dolores Espinosa.

Enrique Gottdiener: Los Mayas de Bronce (de 44.43 m²)

Esta sala exhibe una colección de esculturas en bronce del maestro Enrique Gottdiener, que representan la vida cotidiana del pueblo maya yucateco.

31 de julio de 1981