El inmueble que lo alberga fue construido como mercado en 1977 por el arquitecto Sergio Molina y posteriormente fue adaptado como museo. Abrió sus puertas al público el 9 de septiembre de 1999, con el objetivo de dar a conocer la historia y la arqueología de las etnias otomí y mazahua asentadas al noroeste del Estado de México. El concepto museográfico estuvo a cargo del antropólogo y museógrafo Jorge Carrandi. Resguarda un acervo de más de mil 800 piezas arqueológicas, instrumentos de trabajo, cerámica, una colección de máscaras del país y vestuario, entre otros. Cuenta con cuatro salas permanentes y una temporal, biblioteca, fototeca, videoteca y librería. Ofrece visitas guiadas, conferencias y presentaciones editoriales.

9 de septiembre de 1999