El inmueble que lo alberga fue construido a finales de 1999 e inaugurado el 21 de octubre de 2002. Hasta el momento es el único museo en su tipo en todo el sur-sureste de México; en sus salas se exhiben más de 200 fósiles, todos de Chiapas, cuyas antigüedades oscilan entre los 300 millones de años y los 10 mil años. En la sala principal se encuentra la reconstrucción de un megaterio, además de contar con restos fósiles de vegetales, invertebrados y vertebrados representativos de casi todos los municipios del estado. Entre las exhibiciones más llamativas está se encuentra la denominada Ámbar de Chiapas, donde se muestran piezas de esta resina fósil con inclusiones de insectos y arañas. Cuenta con una sala de usos múltiples y un laboratorio de exhibición, a través del cual el visitante puede apreciar cómo trabaja un paleontólogo en la restauración y conservación de los fósiles.

El museo cuenta con las siguientes áreas de exhibición:

• Jardín prehistórico
• El universo de la paleontología
• Fósiles de Chiapas
• Laboratorio de exhibición
• Ambientes antiguos de Chiapas
• Sección del ámbar

Espacio de colecciones Paleontológicas
Guía impresa del museo
Folletos
Visitas guiadas
Piezas interactivas
Biblioteca
Hemeroteca
Videoteca
Tienda
Sanitarios
Guardarropa
Salón de usos múltiples
Sala de proyecciones
Servicios educativos (cursos de verano para niños)

21 de octubre de 2002